Hãng này được thành lập tháng 6 năm 2004 và bắt đầu hoạt động ngày 15 tháng 11 năm 2004. Hãng này thuộc sở hữu của Myanma Airways và Htoo Trading và có 250 nhân viên (tháng 3 năm 2007)[3][4].) Tuyến quốc tế đầu tiên là nối Yangon với Bangkok vào ngày 15 tháng 5 năm 2007[2], và tuyến thứ hai là nối với Singapore từ ngày 7 tháng 9 năm 2007.[5]
Ngày 19 tháng 2 năm 2008, một chiếc ATR 72 chạy vượt quá qua đường băng tại sân bay Putao làm 2 người bị thương.[9]
Ngày Giáng sinh năm 2012, chuyến bay chở các du khách đi chơi Giáng sinh của hãng Air Bagan hạ cánh vội trên đường ở miền Trung Myanmar khiến 3 người chết và 11 người bị thương. Chiếc máy bay bị nạn là một chiếc Fokker-100. Chiếc máy bay bị nạn chở 63 hành khách, trong đó có 51 khách nước ngoài và 6 thành viên phi hành đoàn, khởi hành từ thành phố Mandalay tới sân bay Heho trong chuyến du lịch tới hồ Inle.
^KNG (ngày 20 tháng 2 năm 2008). “Air Bagan's ATR aircraft crashes in Putao; no casualties”. Burma Campaign Australia. Bản gốc lưu trữ ngày 3 tháng 4 năm 2012. Truy cập ngày 10 tháng 6 năm 2013. Đã định rõ hơn một tham số trong |archiveurl= và |archive-url= (trợ giúp); Đã định rõ hơn một tham số trong |archivedate= và |archive-date= (trợ giúp)