Наприкінці 1630-х і в 1644—1645 роках служив у французькій армії, в тому числі під командуванням Людовика II Бурбона-Конде. Повернувся на батьківщину близько 1647.
Чимало коштів надавав для утримання полків війська ВКЛ. Брав участь у багатьох битвах; зокрема,
у битві під Жовтими Водами, де прийняв командування відступом, після поранення Стефана Потоцького. Після повного знищення польсьго війська був узятий в турецький полон, де пробув до весни 1650 року. За його звільнення клопотали Папа Римський, особисто король Ян ІІ.
Уряди (посади): овруцький, слонімський, чечерський староста, писар польний коронний. Наприкінці 1663 року король запропонував йому посаду гетьмана польного литовського (польну булаву), однак пізніше відмовився через погіршення здоров'я.
Ян Фридерик Сапіга помер у Журавному 1664 року. Перед смертю півтора року хворів на катар та подагру, був «прикутим» до ліжка. Був похований у костелі бернардинів у Львові.