Представник коденської лінії знатного литовського магнатського роду Сапіг герба «Лис». Старший син троцького воєводи Казимира Владислава Сапіги (1650—1703) і Франциски Копець (1659—1690).
Під час Північної війни (1700—1721) Ян Фредерік Сапіга спочатку був на боці польського короля Августа Сильного і приєднався до Сандомирської конфедерації. У 1706 році перейшов на бік шведського ставленика Станіслава Лещинського, від якого отримав посаду рефендаря великого князя литовського (1706—1709). У 1709 році після повернення на польський трон Августа Сильного отримав амністію. У 1711—1712 роках — каштелянмінський. У 1716 році отримав посаду каштеляна троцького. У 1717 році активно виступав проти присутності російських військ на території Речі Посполитої і приєднався до Тарноградської конфедерації, створеної противниками Августа Сильного.
Обирався послом на сейми, був депутатом Трибуналу Великого князівства Литовського. На сеймах виступав проти втручання Росії у внутрішні справи Речі Посполитої через підтримку православних і за збереження Річчю Посполитої нейтралітету в міжнародній політиці. У 1726 році став кавалером Ордена Білого Орла, в 1729 році — маршалок Литовського Трибуналу.
У 1733 році каштелян троцький Ян Фредерік Сапега підписав елекцію (обрання на престол) Станіслава Лещинського, потім перейшов на бік саксонського курфюрста Августа III, який у листопаді 1735 року передав йому посаду канцлера великого литовського. У 1739 році придбав пропойське староство.
Йому належали Кодно, Дорогостаї, Муравиця, Копили, Чорнобиль та інші маєтки.
Вялікае княства Літоўскае: Энцыклапедыя. У 3 т. / рэд. Г. П. Пашкоў і інш. Т. 2: Кадэцкі корпус — Яцкевіч. — Мінск: Беларуская Энцыклапедыя, 2005. — 788 с.: іл. ISBN 985-11-0378-0.