Ян Матсен є вихованцем роттердамського футболу. Він грав за молодіжні команди «Феєноорда» та «Спарти». У 2018 році футболіст приєднався до академії лондонського «Челсі».[2] Першу гру в основі команди футболіст провів у вересні 2019 року у матчі Кубка Ліги проти «Грімсбі Таун».[3]
Надалі не маючи постійного місця в основі й для набору ігрової практики Матсен був відправлений в оренду у клуб «Чарльтон Атлетік».[4] Де він дебютував у Першій лізі у жовтні 2020 року. Наступний сезон Маатсен знову почав в оренді. Він грав у клубі Чемпіоншип«Ковентрі Сіті».[5]
Сезон 2022/23 захисник розпочав як гравець клубу «Бернлі»,[6] куди він був направлений в оренду з «Челсі». У січні 2023 року Матсена було визнано Гравцем місяця в Чемпіоншип.[7] За результатами сезону Маатсен у складі «Бернлі» виграв турнір Чемпіоншип[8] та допоміг команді вийти до Прем'єр-ліги.
Збірна
У складі юнацької збірної Нідерландів (U-17) Ян Матсен у 2019 році виграв юнацький чемпіонат Європи, що проходив в Ірландії.[9]