Дієцезія заснована 28 травня 1997 року шляхом виділення території із Каунаської архідієцезії та Паневежиської і Тельшяйської дієцезій.
У Шяуляйській дієцезії неподалік від Шяуляя (12 кілометрів від міста по дорозі Вільнюс—Рига) розташована відома в Литві католицька святиня і місце паломництва Гора Хрестів.