Організація та швидке зміцнення Задунайської Січі вимагало від Російської імперії організації якоїсь протидії. Адже існування «Січі за Дунаєм» викликало щораз більші симпатії в українського населення, зміцнювала військову потугу Османської імперії й паралізувала участь українців у російсько-турецьких війнах на боці Росії.
Князь Григорій Потьомкін спочатку намагався силою стримати еміграцію козацтва за Дунай та на Забужжя, але марно. Тоді Катерина II маніфестами від 5 травня1779 і 27 квітня1780 звернулася до козаків уже з проханням повернутись у рідний край, обіцяючи дати кожному з них землю та службу за російськими чинами. Ефект був той самий.
У 1781–1783 сталося антиросійське повстання у Кримському ханстві. Князь Григорій Потьомкін розіслав по колишніх запорозьких землях заклики до колишніх козаків зібратись у Херсоні, де з них будуть створені військові загони. Проте запорожці відгукувались неохоче. Зібралося близько 1000 козаків. Їхнім кошовим отаманом став військовий осавул Сидір Білий, а його помічником — колишній військовий суддя Війська Запорозького Антін Головатий.
6 квітня1783 козаків офіційно взяли на російську службу як «Військо вірних козаків» (відповідний імператорський указ виданий 22 січня (2 лютого) 1783). Нове козацьке військо ділилося на кінне («комонне»), піхоту та флотилію.
Проте по закінченні війни російський уряд не захотів, щоби козацьке військо було дислоковане біля Правобережної України та Задунайської Січі. 20 лютого1792 вийшов імператорський указ про те, що «добута від Порти Оттоманської земля між Бугом і Дністром прилучається до Катеринославської губернії». У війську з'явилося розчарування, стало зрозуміло, що козаки цю землю та привілеї не отримають.
«Войско казачье Черноморское, собранное покойным генерал-фельдмаршалом, князем Потемкиным-Таврическим из верных казаков бывшей Сечи Запорожской в течении последней нашей с Портой Оттоманской войны многими мужественными на суше и водах подвигами показало опыты ревностного к службе нашей усердия и отличной храбрости. В воздаяние таковых сего войска заслуг Всемилостивейше пожаловали Мы оному в вечное владение состоящий в области Таврической остров Фанагорию, с землей между рекою Кубань и Азовского моря лежащего…».
Не всі козаки прийняли виселення на Кубань. Частина перейшла на Задунайську Січ.
Загалом на Кубань морем і суходолом переселили 8 200 козаків, які заклали Кіш на Кубані і назвали його Катеринодаром, створили 40 куренів. До традиційних 38 запорозьких куренів, які зберегли свої назви, додали ще два — Катерининський та Бережанський. Загалом у 1792 разом із родинами на Кубань переселили майже 25 000 українців, яким виділено земельний фонд площею 30 000 км² між річками Кубанню та Єю.
На початках Чорноморське козацьке військо на Кубані територіально ділилося, за запорозьким звичаєм, на три паланки: Катеринодарську, Копильську (центр — Тамань) і Єйську (центр — Чебаклея)[1].
За козаками спершу зберегли виборність військового уряду, але вже на початку 1797 від них відібрали права обирати старшину, і кошових отаманів почав призначати російський уряд.
У 1797 козаки, повернувшись з важкого «Перського походу» подали у військове управління прохання про грошові компенсації. Відмова у компенсаціях призвела до козацького повстання (так званий «Перський бунт»), який було жорстко придушено.
У 1840-х курені чорноморського козацтва перейменовано на станиці (на донський зразок), які були об'єднані в 4 військові округи: Таманський, Катеринодарський, Бейсугський і Єйський.
Оселившись на Кубані, козаки вели господарську діяльність. У перші роки існування Чорноморського козацького війська на Кубані провідними галузями господарства були скотарство та рибальство, а від середини 19 ст. — хліборобство.
Козаки володіли значними угіддями. Спочатку розмір наділу козака не був реґламентований і діяв принцип вільного займання. У 1842 російський уряд запровадив принцип довічного землекористування відповідно до рангу: генерал — 1500 десятин, штаб-офіцер — 400, обер-офіцер — 200, рядовий козак — 30. Але здійснити переділ відповідно до норм не вдалося.
До 1860 козацькі війська на Кубані налічували близько 200 000 осіб. З них формувались військові підрозділи — 12 кінних полків, 3 піхотних батальйони, 4 батареї, 2 гвардійських ескадрони.
Чорноморське козацьке військо брало участь у всіх військових операціях, що їх вела Росія на Кавказі, та у Кримській війні1853–1856 років.
У 1860 об'єднане з західною частиною Лінійного козацького війська (6 бригад) і перейменоване на Кубанське козацьке військо.
Впродовж майже століття чорноморське козацтво продовжило, хоч у дещо зміненій формі, традицію запорозьких козаків.
Отамани кошові, військові та наказні Чорноморського війська
На чолі Чорноморського козацького війська був завжди отаман. Спочатку, так само, як і на Запоріжжі, він мав найменування кошового отамана, і обирався самими козаками на козацькій раді. Але з 1797російський уряд заборонив козакам цю демократичну процедуру, та почав призначати отаманів над чорноморцями власноручно. Відтепер отаман почав називатися військовим.
У 1827 уряд ще урізав козацькі права. Тепер отаманом усіх козацьких військ імперії вважався наслідник престолу з династії Романових, а справжній керівник над козацькою громадою мав титул наказного отамана, тобто «призначеного імператорським наказом». Лише деяка лібералізація режиму в імперії внаслідок революції 1905 року вперше дозволила зайняти посаду наказного отамана місцевому кубанському козаку-українцю, Михайлу Бабичу. Він і став останнім за часів Російської імперії наказним отаманом Кубанського війська. Після Жовтневого перевороту, літній Михайло Бабич був розстріляний більшовиками.
¹ Більшість — етнічні українці. ² Значна частина — етнічні українці. ³ Жодна з проголошених у 1991 році автономій, що увійшли до складу Союзу козацьких республік, не відбулася.