Чорноморська група військ створена 3 вересня 1942 року шляхом переформування Північно-Кавказького фронту і стала складовою частиною Закавказького фронту. До 26 листопада 1942 року війська групи військ обороняли чорноморське узбережжя Кавказу, вели бої за Новоросійськ, Туапсе, доки німецька група армій «A» не перейшла до оборони поздовж передгір'я Великого Кавказу. З січня 1943 року з переходом радянських військ у наступ на Кавказі, Чорноморська група військ силами 18-ї, 46-ї, 47-ї та 56-ї загальновійськових армій билася за визволення Новоросійська, Майкопа, Краснодара.
З 5 лютого включена до складу військ Північно-Кавказького фронту, 15 березня розформована.