Основними рослинними угрупованнями екорегіону є хвойні ліси, видовий склад яких залежить від висоти та від кількості опадів. В більш сухих низьких долинах поширені соснові ліси. В горах на півночі регіону переважають китайські червоні сосни (Pinus tabuliformis), а на півдні — білі китайські сосни (Pinus armandii). Ялинові ліси поширені на більшій висоті, ніж соснові. На півдні екорегіону в ялинових лісах переважають ліцзянські ялини (Picea likiangensis), а на півночі — китайські ялини (Picea brachytyla), пурпурові ялини (Picea purpurea) та ялини Вільсона (Picea wilsonii). Також на висоті понад 3000 м над рівнем моря поширені ялиці Делавея (Abies delavayi) та китайські модрини (Larix potaninii). В пізньосукцесійних лісах переважають змішані ялицево-ялинові деревостани, хоча конкретні види змінюються від одного місця до іншого. На найбільших висотах, особливо на скелястих схилах з добре дренованими основними (вапняковими) ґрунтами поширені ялівцеві ліси, де переважають китайські яловці (Juniperus chinensis) та сичуанські яловці (Juniperus saltuaria). Важливим компонентом хвойних лісів у деяких районах виступають китайські тсуґи (Tsuga chinensis).
Загалом розподіл різних хвойних порід в лісах екорегіону є подібний до того, що спостерігається в субальпійських хвойних лісах Гендуаншаню, поширених на південний захід від регіону, за винятком того, що висотні зони в цьому екорегіоні зміщені на більш низьку висоту через різницю в широті. Існують також деякі важливі кліматичні відмінності, які полягають у більшій кількості зимових опадів та у меншому впливі літніх мусонів.
Незважаючи на те, що ліси екорегіону класифікуються як хвойні, в них також ростуть деякі листопадні широколистяні дерева, які можуть утворювати нижній намет, над яким височіють хвойні дерева. У деяких місцевостях широколистяних дерев може рости навіть більше, ніж хвойних. Серед цих дерев слід відзначити різні види кленів (Acer spp.), беріз (Betula spp.), горобини (Sorbus spp.), калини (Viburnum spp.), вовчого лика (Daphne spp.) та муссенди (Mussaenda spp.). Також в лісах регіону поширені невисокі або середньовисокі бамбукові зарості.
На лісових галявинах та на інших відкритих ділянках часто зустрічаються густі чагарникові зарості, де переважають різноманітні вічнозелені рододендрони (Rhododendron spp.) та деякі листяні чагарники, такі як шипшина (Rosa spp.) або барбарис (Berberis spp.). У високогір'ях на висоті понад 4000 м над рівнем моря поширена альпійська рослинність, яка екологічно та флористично подібна до чагарників і луків Південно-Східного Тибету.
В сухих долинах Міньцзяну та його приток на висоті від 1500 до 2500 м над рівнем моря рослинний покрив представлений рідкісними карликовими чагарниками, розкиданими по голій землі. Ці кущі, як правило, густо розгалужені, ароматичні, і мають дуже дрібне листя та шипи — адаптації, типові для посушливих умов. Серед поширених в регіоні чагарників слід відзначити вейманієлисту фісташку[sv] (Pistacia weinmannifolia). Також в цих напівпустельних долинах поширені солодкі акації (Vachellia farnesiana) та одноколючкові опунції (Opuntia monacantha), інтродуковані з Нового Світу.
