З дитинства він відрізнявся слабким здоров'ям. Фаворит королеви Йоганн Струензе зайнявся вихованням кронпринца. Струензе зумів позбавити Фредеріка багатьох хвороб, застосовуючи спеціальну методику фізичного виховання та загартовування. Після страти у 1772 році Струензе Фредерік був позбавлений батьків. Кароліну Матильду вислали до Германії, а Кристіана VII відсторонили від влади та заточили у замку. Він лише номінально залишався королем країни.
Фактичною володаркою держави стала мачуха Кристіана VII Юліана Марія Брауншвейг-Вольфенбютельська. Вихователем Фредеріка вона призначила обер-гофмейстра Ейкстеда. Той зумів зацікавити спадкоємця трону усім данським. Також Фредерік під впливом камер-юнкера Брюдова вивчив французьку та німецькі мови, займався питаннями лісоводства та землеробства.
З часу у Фредеріка наростав конфлікт з Юліаною Брауншвейг-Вольфенбютельською. Врешті-решт, спираючись на армію та вірних аристократів, він у 1784 році витребував собі права регента.
Регент
З самого початку свого регентства Фредерік VI почав ліберальні реформи у державі. Весь цей час головним міністром та помічником регента залишався Андреас Бернсторф. У 1788 році було скасовано кріпацтво. До 1800 року була нормована панщина. У 1792 році було відмінено рабство у вест-індських колоніях Данії.
Водночас Фредерік VI взяв курс на встановлення дружніх відносин з наполеонівською Францією. Це призвело до військового конфлікту з Великою Британією, яка не могла дозволити Франції зміцнити свої позиції за рахунок данського флоту та вигідних портів Данії та Норвегії. У 1801 та 1807 роках відбулися військові сутички між англійським та данським флотами. Особливо запеклою була битва у 1801 році при Копенгагені. З великими труднощами англійцям вдалося перемогти та відлучити Фредеріка VI від союзу з Францією. У цій битві відзначився у подальшому відомий адмірал Гораціо Нельсон.
Правління
Після смерті батька Фредерік нарешті 13 березня 1808 року став королем Данії та Норвегії. У 1809 році у зв'язку з проблемою із спадкоємцем шведського трону Фредерік проводив перемовини щодо свого обрання новим королем Швеції. Проте вони не мали позитивного результату. В цей же час він знову укладає союзницький договір з Францією. Але ця угода була вкрай невдалою — Франція зазнала поразки.
Після поразки імперії Наполеона Бонапарта у 1814 році згідно з попередніми домовленостями великі країни надали Швеції, на чолі якої вже стояв Жан Бернадот, права на Норвегію. Цього намагався завадити Фредерік VI, але йому забракло військових сил та міжнародної підтримки. Врешті-решт було укладено Кільську угоду, згідно з якою Данія передавала Норвегію Швеції натомість отримувала Шведську Померанію. У 1815 році він виміняв у Пруссії свою частину Померанії на князівство Лауенбург.
У 30-х роках Данію охопила економічна криза, внаслідок чого королю знадобилася підтримка у місцевих землевласників. У 1834 році відбулися перші провінціальні збори данських станів із дорадчими функціями.
На його честь названо місто у північній Данії Фредеріксгавн.
Нащадки
Фредерік VI та його дружина — Марія Софія Федеріка (1767—1852), донька Карла, князя Гессен-Касельського мали вісім дітей, 6 із них померло в ранньому дитинстві, і як наслідок, двоє із них залишилися бездітними, таким чином, у Фредеріка VI та Марії Софії Федеріки не було онуків.
Їхні діти:
Кристіан (1791)
Марія Луїза (1792—1793)
Кароліна (1793—1881) — була одружена з Фредеріком Датським, дітей не мали;
Вільгельміна (1808—1891) — дружина Фредеріка VII, короля Данії, згодом — Карла Шлезвіг-Гольштейн-Зондербург-Глюксбурзького, дітей не мала.
Луїза Фредеріка, графиня Данемандська (16 квітня 1810 — 28 грудня 1888), у 1836 вийшла заміж
Кароліна Августа, графиня Данемандська (1812—1844), у 1837 вийшла заміж за Адольфа Фредеріка Шака фон Брокдьорфа (Вайле, 7 лютого 1810 — 18 жовтня 1859)
Фредерік Вільгельм, граф Данемандський (20 липня 1813 — 12 березня 1888), вперше одружився у 1840 із Францискою фон Шольтен (1820—1844), вдруге одружився у 1845 із Ловісою Грефвінде Шулін (1815—1884) і втретє одружився у 1884 із Вільгеміною Лаурсен. Wilhelmina Laursen (1840—1886)
Фредерік Вальдемар, граф Данемандський (6 червня 1819 — 4 березня 1835)