Обраний на драфті 2004 під 25 номером клубом «Бостон Селтікс». У дебютному сезоні взяв участь у 77 іграх, у 34 з них виходив у стартовій п'ятірці. Був обраний учасником гри новачків НБА. За підсумками сезону Аллен посів друге 4 місце в НБА за кількістю перехоплень в середньому за 48 хвилин (2.89).
У наступних сезонах показники Аллена не надто покращувались — це можна пояснити кількома травмами. 23 липня 2008 Тоні продовжив на 2 роки контракт із «Селтікс». У липні 2010 Аллен підписав трирічний контракт із «Гріззліс».
За підсумками сезону 2010-11 Аллен був обраний у другу команду захисників НБА.