У 1942—1943 роках продовжував філософські студії в Велеграді, але вони постійно переривалися примусовими роботами студентів під наглядом німецьких, згодом — румунських, а пізніше — і радянських солдат.
Викладацька робота
У 1945 і 1946 роках, завершивши навчання на студіях, був префектом Велеградської середньої школи (магістром — за термінологією єзуїтів), де викладав чеську та російську мови.
22 серпня 1949 — висвячений на священника. Потім у Флоренції пройшов випробувальний період, який завершив його формування як єзуїта. Після закінчення цієї трирічної підготовки, у 1951 році, отця запросили до Риму — для роботи на Ватиканському радіо. Недільні проповіді Шпідліка чеською мали популярність — їх опублікували і перевели на інші східноєвропейські мови, в тому числі — польську і румунську, а також — на італійську.
У 1989 році американський Бібліографічний інститут у Ралі обрав Томаша Шпідліка «Людиною року 1990», а роком пізніше — визнав його «Найвизначнішою особистістю десятиліття» («The most admired person of the decade»).
1991 року заснував в Римі Центр Алетті[it] — єзуїтський центр для вивчення східної християнської традиції. Жив у Центрі до кінця життя.
У квітні 1994 року, з нагоди публікації книги «Російська ідея», французьке місто Труа нагородило Шпідліка медаллю міста та присвоїло почесне громадянство. У цьому ж році — вийшов на пенсію. А також був обраний першим завідувачем кафедри східного богослов'я, заснованої в Папському східному інституті. Лекцію під час інавгурації на тему «Персональне повернення до східної духовности» прочитав 14 листопада 1994 року.
У Босковицях, де народився Томаш Шпідлік, на його честь встановлена меморіальна дошка.
Бібліографія українською
Як ми молимося / пер. М. Говгера. — Рим, 1995. — 44 с.
Духовність християнського Сходу (Посібники з богослов'я № 5) / пер. з італ. Мар'яни Прокопович. — Львів: Видавництво Львівської Богословської Академії, 1999. — 496 с. — ISBN 966-7034-12-7
Шпідлік Т., Рупнік М. І. Про що розповідає ікона / пер. Мар'яни Прокопович. — Львів: Свічадо, 1999. — 126 с. — ISBN 966-561-142-9
Мистецтво очищувати серце / пер. з італ. А. Маслюх. — Львів: Свічадо, 2006. — 70 с. — ISBN 966-8744-36-5
Шпідлік Томаш, Гаргано Іночензо. Духовність грецьких і східних отців / пер. Я. Приріз, Р. Паранько. — Львів: Свічадо, 2006. — 144 с. — ISBN 966-395-045-5
Мараната. Життя по смерті / пер. з італ. Володимир Чайковський. — К.:Дух і Літера, 2013. — 256 с. — ISBN 978-966-378-250-8
Професор Уліпіспірус та інші історії / пер. з італ. Андрій Маслюх. — Львів: Монастир Редемптористів, Скриня, 2015. — 52 с. — ISBN 978-966-2706-63-5
Шпидлик, о. Томаш [Архівовано 15 квітня 2021 у Wayback Machine.] // Молитва согласно преданию Восточной Церкви / Перевод с итальянского Наталии Костомаровой под ред. свящ. Владимира Зелинского. — М.:Даръ, СПб.: Издательство Олега Абышко, 2011. — С. 4.