Народився в Удзіямі (тепер Ісе) префектура Міе, Японія29 жовтня1935 року. Закінчивши у 1959 році Токійський університет за спеціальністю французька література, Такахата починає працювати в тільки-но створеній анімаційній студії «Tōei Dōga animation company» (нині Toei Animation). Де у 1965 році став режисером аніме-фільму «Хорс: принц Сонця» («Hols: Prince of the Sun»), під час зйомок якого і познайомився з Міядзакі Хаяо. Фільм був першим фільмом студії, який відступив від канонів Діснеївської анімації, що панували в той час у японській анімації, і справедливо вважається етапним в історії аніме. Не зважаючи на беззаперечні художні якості фільму, його очікував фінансовий провал. У зв'язку з цим та остракізмом з боку колег по студії Тоей, Такахата та Міядзакі разом залишили студію, щоб співпрацювати разом над багатьма фільмами.
У тому ж році Такахата і Міядзакі отримали пропозицію стати режисером аніме-телесеріалу «Люпен ІІІ» в середині сезону. Вони погодилися з умовою, що їхні імена не будуть названі в титрах.
У 1973 ж році Такахата започаткував серію аніме-телесеріалів «Театр шедеврів всього світу» (Sekay Maysaki Gesidz), в якій об'єднав адаптації найвідоміших творів дитячої літератури світу. Перший телесеріал за повістю швейцарської письменниці «Хейді» отримав назву «Heidi, Girl of the Alps» (1974), і мав великий успіх. Потім були «3000 миль у пошуках матері» (1976) і «Анна з Зелених Дахів» (Akage no Ann) (1979).
У 1981 році Такахата став режисером аніме-телесеріалу «Chie the Brat» (Jarinko Chie).
У 1982 році Такахата був обраний режисером стрічки «Маленький Немо» (Little Nemo), аніме, яке знімалося Telecom з прицілом на прокат у США. Разом з Хаяо Міядзакі та Ясуо Отсука, Такахата їде до США. Проте творчі розбіжності між японською стороною та продюсером з американської сторони Гаррі Кутцом (відомий як продюсер «Зоряних воєн») призвели до того що Такахата відмовився від ролі режисера і залишив Telecom. Міядзакі та інші наслідували його приклад.
Коли Хаяо Міядзакі запропонували зняти фільм за мангою Навсікая з Долини Вітрів (Kaze no Tani no Naushika, 1984), він погодився, з умовою, що продюсером буде Ісао Такахата. Після великого фінансового успіху стрічки, Ісао Такахата та Хаяо Міядзакі у 1985 році заснували студію Ґіблі.
Великий вплив на творчість Ісао Такахати справив італійський неореалізм 60-х років, фільми французької «Нової хвилі» та творчість Жака Превера, французького поета і кінодраматурга, якого Такахата відкрив для себе під час навчання в Токійському університеті.
У 2004 році Такахата випустив збірку перекладів Превера японською.
Цей вплив помітно відрізняє фільми Такахати, від фільмів інших режисерів аніме. Його фільми, за контрастом, в основному реалістичні з політичним та соціальним підтекстом, і, за винятком декількох стрічок, є драмами в абсолютно реалістичному середовищі.
Фільми Такахати мали значний вплив на творчість Хаяо Міядзакі. За словами Ясуо Отсуки, провідного аніматора студії Ґіблі, Міядзакі запозичив своє почуття соціальної відповідальності саме від Ісао Такахати, і без Ісао Такахати Міядзакі, можливо, займався б лише коміксами.
На відміну від більшості режисерів аніме, Такахата ніколи не працював штатним аніматором.
Роботи
Помічник режисера
The Littlest Warrior (Anju to Zushiōmaru), 1961
Iron Story (Tetsu Monogatari), 1962
The Little Prince and the Eight-Headed Dragon (Wanpaku Ōji no Orochi Taiji), 1962
The Biggest Duel in the Underworld (Ankokugai Saidai no Kettō), 1963
Hustle Punch (TV), 1965
Secret Little Akko (TV) (Himitsu no Akko-chan), 1969