У дорослому футболі дебютував 2005 року виступами за команду клубу «Стад Габезьєн», в якій провів один сезон, взявши участь у 29 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Есперанс», до складу якого приєднався 2006 року. Відіграв за команду зі столиці Тунісу наступні п'ять сезонів своєї ігрової кар'єри.
До складу клубу «Евіан» приєднався 2011 року. За два сезони встиг відіграти за команду з Гаяра 56 матчів в національному чемпіонаті.
Влітку 2013 року, після того як «Евіан» вилетів з Ліги 1, перейшов у «Марсель», де провів наступний сезон. 26 липня 2014 року Халіфа був відданий в оренду в «Клуб Африкен»[1], який 2016 року викупив контракт гравця.