Провулок виник у 2-й половині XIX століття під назвою Мокрий. Згодом, ймовірно з 1930-х років — Пролетарська вулиця. Назву Пестеля провулок набув 1955 року[1] на честь революціонера-декабристаП. І. Пестеля. Ліквідований разом із навколишньою малоповерховою забудовою у 1971 році[2].