З початку 1890-х років зоолог і психолог Вагнер Володимир Олександрович під впливом Чехова Антіна Павловича, з яким вони були близько знайомі, планував видання науково-популярного журналу. Чехов вигадав назву журналу «Натураліст», були приблизно визначені його структура і основне коло авторів. Однак планам не дано було здійснитися, видавець Суворін Олександр Сергійович відмовився від випуску такого журналу, як він пізніше зізнавався Чехову, злякавшись «матеріалістичності ідей» Вагнера.
Перший номер журналу «Природа» вийшов в Москві 8 лютого (26 січня за новим стилем) 1912 року накладом у 5 тисяч примірників. Його редакторами були В. О. Вагнер і Л. В. Писаржевский. Обкладинку в стилі «російський модерн» намалював художник М. І. Соломонов. У зверненні до читачів «від редакції» Вагнер і Писаржевський писали, що вважають такий журнал «найкращим засобом боротьби із забобонами, з впливом схоластики і метафізики». Редактори також заявляли про «своєї глибокої переконання у великому суспільному значенні поширення наукових істин».
Однак у перший рік існування журнал відчував серйозні фінансові труднощі. Коштів, зібраних на його видання, не вистачало, а його редакторам не вистачало комерційних здібностей. За підсумками 1913 року Вагнер залишив редакторський пост, хоча і продовжував співпрацювати з журналом. Журнал відтепер виходив під началом Писаржевського і Тарасевича Лева Олександровича, величезну роботи також робив брат Тарасевича, Олексій, який через нестачу коштів особисто займався практично всіма редакційними обов'язками: коректурою, координацією роботи редколегії, договорами з друкарнями, бухгалтерськими справами, листуванням редакції та іншим. Зрештою, саме він організував товариство «Людина і Всесвіт» для розширення діяльності «Природи», члени якого купували паї, які йшли на розвиток журналу. Одночасно почали видаватися книги під егідою «Природи»: за п'ять років вийшло понад 50 книг. Таким чином фінансова ситуація значно покращилася.
Свого піку журнал досяг 1917 року. Революційні події позначилися на ньому не кращим чином, як і смерть О. О. Тарасевича. У 1919—1920 роках вийшло всього кілька тонких номерів, надрукованих на поганому папері. 1920 року журнал не виходив взагалі.
1921 року вдалося відновити випуск журналу. Відтепер він видавався у Петрограді як видання Комісії з вивчення природних продуктивних сил Росії, яка входила до складу Академії наук і на роботу якої радянським урядом завжди виділялися значні кошти. Комісію очолював академік Вернадський Володимир Іванович, а науковим секретарем був Ферсман Олександр Євгенович, зусиллями якого журнал спочатку знайшов нове життя, а надалі став офіційним виданням Академії наук. На титульному аркуші 1921 року зазначалося, що це спарені номери за поточний і минулий рік.
Із журналом співпрацювали найбільш відомі тогочасні вчені країни, друкувалися й статті іноземних авторів: 1927 року були опубліковані статті Ейнштейна і Планка, а 1931 року стаття де Сіттера, «Всесвіт, що розсувається».
1931 року журнал зазнав ряд змін. Головним редактором став геолог і палеонтолог, академік Борисяк Олексій Олексійович, змінився і дизайн. З 1936 року головою редакційної колегії став Вавилов Сергій Іванович, а відповідальним редактором Савич Всеволод Павлович. 1939 року до складу редколегії увійшов Лисенко Трохим Денисович, який, однак, не ужився в колективі. Журнал уникнув ідей «лисенківщини», залишаючись відданим наукової істини, багато в чому це заслуга Вавилова. Однак уникати ідеологічних ідей і статей повною мірою не вдавалося.
Під час Другої світової війни журнал видавався в Ленінграді під час блокади, пізніше в евакуації в Казані. Журнал був одним з небагатьох, що друкувались у воєнні роки без перерв, за що Савич був удостоєний подяки з боку Президії АН СРСР.
1952 року, після смерті Вавилова на журнал чекали нові випробування. Видання переводиться до Москви, редактором був призначений академік Шмідт Отто Юлійович. Змінився формат, обкладинка, папір, однак колектив авторів залишився значною мірою незмінним. Засновником видання стала Президія Російської академії наук[4].
1957 року редакцію журналу очолив учень Ферсмана геолог Щербаков Дмитро Іванович, а ще через десять років — лауреат Нобелівської преміїБасов Микола Геннадійович[5]. Відповідальним секретарем став журналіст В. М. Полинін, до цього написав кілька популярних книг про генетику, але відтепер всі сили і час віддававший виданню «Природи». При Полиніні «Природа» відчула справжній підйом, тираж досягав 85 тисяч примірників, статті почали супроводжуватися фотографіями авторів, з'явилася рубрика «Нобелівська премія», з'явилася традиція біографічних випусків: так один з номерів 1987 року був повністю присвячений Вавилову Миколі Івановичу.
100 років журнал виходив безперервно, з редакцією співпрацювали всі найбільші представники російської та радянської науки. Значна частка ілюстрацій для фундаментальних вишівських підручників та енциклопедій з природничих наук взята з матеріалів, опублікованих у «Природі». У період з 1912 по 2004 рік видання співпрацювало з журналом «Nature». Відомості про головні публікації в «Nature» з'являлися в «Природі», а з 1987 році почався обмін матеріалами для публікацій.
До 100-річного ювілею журналу був випущений повний цифровий архів журналу «Природа» з 1912 по 2011 рік, який поширювався на DVD-диску як додаток до спецвипуску журналу — першого номера за 2012 рік.
