Наґато омивається з півночі Японським морем. Північне узбережжя міста та острів Омідзіма є складовими частинами Державного парку «Північне узбережжя Наґато». На його території є чимало гарних природних портів. Вони здавна слугували центрами рибальства, особливо китобійного промислу.
Місто відоме також своїми гарячими джерельними ваннами онсен на основі місцевих термальних вод.