1866 року Масайоші призначили завідувачем сацумського флоту[10]. Йому вдалося модернізувати і підвищити його боєздатність, закупивши новітню зброю і кораблі у Великої Британії. Масайоші також сприяв налагодженню контактів із антисьогунатівською опозицією в Японії і допомагав укладанню таємного союзу між Сацумою і Тьосю[9].
Після реставрації Мейджі1868, Масайоші увійшов до складу новоствореного Імператорського уряду і керував воєнними діями урядових військ на Кюсю. Він займав посади голови штабу Імператорських військ Кюсю[11], головного судді Наґасакі[12] та голови префектури Хіта. 1871 року Масайоші призначили тимчасовим старшим заступником голови Міністерства фінансів і тимчасовим головою Податкової адміністрації. Згодом він очолював відділи сприяння промисловості та сільського господарства Міністерства внутрішніх справ[9].
1880 року Масайоші посів крісло голови Міністерства внутрішніх справ, а 1881 року паралельно зайняв посаду міністра фінансів. На чолі фінансового відомства він здійснив ряд реформ, спрямованих на упорядкування валютної системи та збільшення обороноздатності країни. Ці реформи отримали назву «дефляція Мацукати»[13]. Міністру вдалося покінчити з інфляцією, але його курс спричинив падіння цін, розорення селян і встановлення поміщицького землеволодіння[9].
1885 року Масайоші увійшов до складу першого кабінетуІто Хіробумі, в якому знову очолив Міністерство фінансів. Він монопольно утримував міністерський портфель до 1900 року, за винятком 5-річного урядування Окуми Сіґенобу. З 1888 року Масайоші паралельно посідав крісло міністра внутрішніх справ, а 1890 року був призначений депутатом Палати перів японського Парламенту[9].
Масайоші керував Японією на посаді прем'єр-міністра протягом 1891—1892 і 1896—1898 років. Він сприяв створенню власної фракції з числа знатних поміщиків та високопосадовців, які мали вплив на уряд та Імператорський двір. 1898 року Масайоші був нагороджений почесним званням ґенро, а 1903 року став членом Таємної ради при Імператорі Японії. 1917 року його призначили міністром печатки[9].
Мацуката Масайоші помер 2 липня1924 року. До кінця свого життя він продовжував впливати на політичне життя країни[9].
