Є нащадком Великих князів Київський Володимира Мономаха та Ярослава Мудрого. Онука української княжни Єфросинії, правнучка Великого князя Київського Мстислава Великого.
Імператриця Візантії
Для посилення угорсько-візантійського мирного договору Бела ІІІ видав 10-річну Маргариту у січні 1186 за Ісаака ІІ Ангела, проголошеного імператором внаслідок повстання у Константинополі 12 вересня 1185 року. У придане отримала терени вздовж ріки Морави у Сербії, захоплені перед примиренням її батьком у Візантії. Маргарита перейшла на православ'я, прийнявши ім'я Марія. Задля фінансування весілля Ісаак ІІ Ангел збільшив податки у Болгарії, де брати Теодор, Асень, Калоян підняли повстання, відновивши зрештою Друге Болгарське царство після 200-річного візантійського правління. Через військові невдачі під час походу у Болгарії 1195 Ісаака ІІ схопили на полюванні, проголосивши імператором його старшого брата Олексія ІІІ Ангела. Той наказав осліпити Ісаака ІІ і кинув його до в'язниці. Учасники Четвертого хрестового походу у листопаді 1202 за намовою венеційців зайняли Задар, куди прибув Олексій Ангел, син Ісаака ІІ з першого шлюбу і намовив частину хрестоносців за 200 тисяч срібних марок допомогти зайняти трон у Константинополі. 17 липня 1203 після втечі Олексія ІІІ Ангела у Константинополі проголосили співправителями Ісаака ІІ Ангела і Олексія IV Ангела. Через брак обіцяних коштів хрестоносці залишились під містом. Внаслідок заворушень співправителі були детронізовані і 28 січня 1203 Ісаак ІІ Ангел помер від переживань і вчиненого над ним насилля. Олексія IV Ангела задушили у в'язниці у ніч на 9 лютого.
Існує гіпотеза, що у Ісаака ІІ Ангела була донька Анна, яка походила з його першого шлюбу з Іриною Палеолог чи другого шлюбу з Марією Маргаритою. Вона мала бути виданою заміж до 1 200 року за волинсько-галицького князяРомана Мстиславича.
Королева Фессалонік
Хрестоносці захопили Константинополь 12 квітня 1204 року, проголосивши створення Латинської імперії. Один з провідників Хрестового походу, маркграф Боніфацій І Монферратський з П'ємонту для збільшення своїх шансів на імператорську корону одружився з Марією Маргаритою — вдовою останнього імператора. Проти нього виступили спонсори Хрестового походу венеційці, сприяючи обранню імператором Бодуена ІХ. Для залагодження протиріч серед проводирів Хрестового походу Боніфацію І Монферратському надали новостворене королівство Фессалонікійське у Греції в обмін на визнання ним своїм сюзереном Бодуена ІХ. На час боїв у Греції із залишками візантійських військ Марія Маргарита залишалась регенткою у Фессалоніках. Боніфацій І загинув 4 вересня 1207 у Болгарії у сутичці із загонами згадуваного раніше Калояна, царя Болгарії. Марія Маргарита стала регенткою при малолітньому сині Димитрії, але їх скоро прогнали з престолу ломбардські барони. Новий імператор Латинської імперії Генріх І Фландрський повернув їм Фессалонікійське королівство, коронувавши 6 січня 1209 Димитрія, що затвердив Інокентій ІІІ. Регентом при малолітньому королі імператор поставив свого молодшого брата Естасія.
Правительниця Фів
Незабаром після загибелі Боніфація І Марія Маргарита втретє вийшла заміж за французького герцога Ніколя І де Сент-Омера, правителя Беотії і її столиці Фів. Згодом Ніколь І вступив до Ордену тамплієрів. У цьому шлюбі після довгих вмовлянь Марія Маргарита повернулась 1208 у католицьку віру, з чим її привітав Інокентій ІІІ. Останньою згадкою про Марію Маргариту, що перебувала у сербській фортеці Кеве (тепер місто Панчево), став лист до неї папи Гонорія III від 30 березня 1223 року.
Іоан «Калоян» Ангел (1174—1221). У 1227—1242 роках за короля Бели IV управляв провінціями Срем, Бранічево, Мачві, містом Белград в угорському королівстві
2. У шлюбі з Боніфацієм І народився:
Дмитро дель Монферрато (1205—1230). Король Фессалонік (1209-грудень 1224). Помер в Італії.
3. У шлюбі з Ніколя І де Сент-Омером народились:
Бела де Сент-Омер (1208—1245). Правитель Фів з 1230.
Гільйом де Сент-Омер († після 1265). Тамплієр, жив у Неаполі і Фландрії.
Родовід
Марія Маргарита веде свій родовід, в тому числі, й від Великих князів Київських з роду Мономаховичів та Ярославичів.