Успадкував Фландрію після смерті матері 15 листопада 1194 і Ено — після смерті батька 18 грудня 1195. Хоча приніс омаж французькому королю Філіпу II, але висунув претензії на землі (зокрема, Артуа), передані французькій короні як посаг його сестри Ізабелли, першої дружини цього короля. У зв'язку з цим надавав підтримку англійським ворогам Філіпа, королям Річарду I Левове Серце та Іоанну I Безземельному. За договором з Філіпом Августом у Пероні в 1200 році Балдуїн повернув собі частину земель Артуа.
Імператорська корона була спочатку запропонована Енріко Дандоло, дожеві Венеції, але той відмовився. Далі вирішили обирати між Балдуїном і номінальним лідером хрестового походу, Боніфацієм Монферратським. На користь Балдуїна зіграли його молодість, галантність і благочестя, а також популярність серед хрестоносців. За венеційської підтримки він був обраний імператором 9 травня 1204 року і коронований 16 травня в Соборі Святої Софії в урочистій церемонії за участю візантійського духовенства. Під час коронації Балдуїн був одягнений в пишні одежі, куплені ще імператором Мануїлом I Комніним за 62000 срібних марок. Дружина Балдуїна Марія, не знаючи про ці події, відпливла в Акру. Там вона дізналася про коронацію чоловіка, але померла в серпні 1204 року, так і не зустрівшись з ним.
Латинська імперія була організована за феодальним принципам. Імператор став сюзереном князів, які отримали від нього ділянки завойованої території. Його власний домен складався з Константинополя, сусідніх регіонів як на європейському, так і на азійському берегах, а також декількох островів, включаючи Лемнос, Лесбос, Хіос і Тенос. Причому багато територій ще потрібно було завоювати: в першу чергу, необхідно було зламати опір греків у Фракії і закріпитися в Солуні. У цьому поході влітку 1204 року Балдуїн вступив в конфлікт з Боніфацієм Монферратським, який отримав більшу територію Македонії з титулом короля Солунського.
Помер наприкінці 1205 року в ув'язненні в Тирново, Болгарія.
У середньовічній болгарській столиці Тирново досі збереглися фортечні ворота, що носять назву «Френські ворота». Вважається, що недалеко від них знаходилася вежа, в якій жив до кінця своїх днів полонений латинський імператор.