Маргарита народилась 24 травня 1840 року у Дрездені. Вона була восьмою дитиною і п'ятою донькою в сім'ї саксонського кронпринца Йоганна та його дружини Амалії Августи Баварської. Дівчинка мала трьох старших братів і чотирьох сестер. Єдина молодша сестра, Софія, народилась за п'ять років.
У підлітковому віці Карл Людвіг листувався із своєю кузиною, Зіссі. Проте, через певний час, звернув увагу на її прихильність до свого старшого брата Франца Йосипа. За два роки після їхнього весілля у 1854, він вирішив зробити пропозицію Маргариті, що також доводилася кузиною.
Весілля відбулося 4 листопада 1856 у Дрездені. Нареченій було 16 років, нареченому — 23. Карл Людвіг на той час вже рік виконував обов'язки губернатора Тироля.
Шлюб був щасливим, але тривав лише два роки. Після святкування імператорською родиною народження спадкоємця Рудольфа, пара вирушила у подорож Ломбардією, намісником якої на той час був Фердинанд Макс, брат Карла Людвіга. Під час поїздки Маргарита захворіла на тиф і померла у Монці 15 вересня 1858 у віці вісімнадцяти років. Її тіло поховали в Капуциненкірхе у Відні[2], серце ж спочило у придворній каплиці Інсбрука.
Глибоко вражений Карл Людвіг мав намір піти в монастир, проте після поїздки до Риму, де зустрівся з Папою РимськимПієм IX, що всіляко заспокоював та підтримував його, повернувся до виконання цивільних обов'язків у Інсбруку.[3] За чотири роки він одружився із Марією Анунціатою Сицилійською. Доньку від цього шлюбу він назвав Маргаритою. Помер Карл Людвіг також від тифу 19 травня 1896.