Наукові праці вченого присвячені питанням флористики, систематики та географії вищих рослин, гербарній справі, принципам організації ботанічних садів, історії ботаніки. Одним з перших дав науковий опис флориІндонезії, Тунісу, Алжиру, Середньої Азії. Зокрема, Володимир Липський описав 4 нових види, 220 нових рослин, з яких 45 названі його ім'ям. Він є автором 82 друкованих наукових праць.
Перший київський період
Після закінчення навчань в університеті учений бере участь в численних наукових експедиціях: по Поділлю, Бессарабії, Криму, Кавказу та Середній Азії. В 1889 році вийшла перша наукова праця Липського: «Исследование о флоре Бессарабии» в якій, зокрема було наведено опис нового виду рослин мласкавця бессарабського (Valerianella bessarabica Lipsky). Декілька звітів про експедиції учений опублікував у «Записках Київського товариства дослідників природи».
Починаючи з 1889 року Володимир Липський відвідує Кавказ з метою дослідження рослинного світу цього регіону. Результатом подорожей є опис близько 40 нових видів та різновидностей рослин. З метою визначення самобутності кавказької флори та для проведення порівняльних досліджень відвідав також Північний Іран. Підсумки досліджень флори Кавказу опублікував у монографії «Флора Кавказа. Свод сведений о флоре Кавказа за двухсотлетний период ее исследования, начиная от Турнефора и кончая XIX веком». Книга зокрема містить повний перелік з близько 4500 видами рослин та точні дані про їхнє поширення. На Кавказі учений описав три нових роди квіткових рослин: Beketowia, Orthorhiza та Schumannia. Серед нових описаних Володимиром Липським рослин Кавказу можна відзначити діоскорею кавказьку (Dioscorea caucasica Lipsky), бук східний (Fagus orientalis Lipsky), любисток кавказький (Levisticum caucasicum[sv] Lipsky), перстач Алексєєнка (Potentilla alexeenkoi Lipsky), тюльпан кавказький (Tulipa caucasica Lipsky), звіробій понтійський (Hypericum ponticum Lipsky) та багато інших.
«Флора Средней Азии, т.е. Русского Туркестана и ханств Бухары и Хивы»,
«Горная Бухара».
В цих працях Володимир Липський критично переглянув ботанічні знання щодо вищезазначених регіонів, виправив помилки попередніх дослідників, описав близько ста нових видів та чотири нових роди: Korshinskia, Galagania, Koslovia, Ladyginia.
Велику увагу вчений приділяв дослідженню історії Петербурзького ботанічного саду та його гербарних фондів та колекцій. Результати цієї роботи були опубліковані в наступних працях:
«Гербарий С.-Петербургского ботанического сада к концу его 75-летнего существования, 1823—1898»,
«Биографии и литературная деятельность ботаников и лиц, соприкасавшихся с ботаническим садом».
В період 1900—1902 років Володимир Липський відвідує різні країни з метою дослідження гербаріїв та ботанічних садів різних країн. Загалом вчений зумів відвідати усі континенти земної кулі окрім Австралії та Антарктиди.
у Військово-промисловому комітеті (представником академії).
В 1919 році Володимира Липського одноголосно обирають дійсним членом Української Академії наук, у 1920 році — членом правління УАН, а в 1921 році — віце-президентом.
В серпні 1919 року Після від'їзду секретаря ІІ відділу УАН Степана Тимошенка за кордон Володимир Липський виконував повноваження секретаря ІІ Відділу, а у жовтні 1921 року його було обрано товаришем президента Академії наук України. 12 червня 1922 року загальні збори ВУАН обрали Володимира Липського президентом. Спроби втручання радянської влади в діяльність наукових установ відбилася і на долі Липського. Для вивчення стану роботи ВУАН створюється комісія Народного Комісаріату освіти України. У висновках цієї комісії керівництво академії, і, насамперед, Президію, яку очолював Володимир Липський, зокрема було звинувачено в недотриманні законів радянської влади, їм це інкримінувалось як політичні порушення. Комісія пропонувала негайно оголосити перевибори президента ВУАН, провести нове затвердження складу академіків, встановити тверду структуру та штати академії. Партійне керівництво вважало Володимира Липського «політично інертним» президентом, який передовірив управління академією С. О. Єфремову та А. Ю. Кримському. В 1928 році науковець подає у відставку з посади президента ВУАН.
Одеський період
21 червня 1928 року, залишивши посаду президента, Володимир Липський виїхав до Одеси, де очолив Одеський ботанічний сад. Під час роботи в Одесі зробив значний внесок у пожвавлення наукової роботи садуйого розширення, виховання молодих науковців, впорядкування гербарію.
У 1927—1930 роках Володимир Липський вивчав водоростіЧорного моря (зокрема в районі Карадагської гідробіологічної станції), досліджував вплив рослинності Атманайського лиману на Азовському морі на утворення та випадання солей, брав участь у роботах Українського інституту з каучуку та каучуконосів. Особливу увагу приділяв долсідженню філофори червоної. Ця водорість стала матеріалом для виготовлення йоду та агар-агару, які на той час ввозили з-за кордону. Так звані йодні експедиції на Чорному морі були проведені у 1930—1931 роках на яхті «Сирена», на суднах «Друг жизни» та «Лысковский» і як наслідок в 1931 році завдяки діяльності Володимира Липського в Одесі було відкрито перший в Україні йодний завод.
Володимир Липський працював директором Одеського ботанічного саду до 1933 року, після чого подав у відставку у зв'язку із небажанням підтримувати ідеї Трохима Лисенка і до самої своєї смерті працював науковим консультантом ботанічного саду. В 1936 здійснює останню наукову подорож — до Узбекистану та Туркменистану. Помер 24 лютого1937 р. в Одесі.
У 1950-х роках могилу вченого і надгробний пам'ятник було зруйновано, а місце поховання втрачено. Лише на прохання Президії Академії наук України у 1990 році виконком Одеської міської ради ухвалив постанову «Про увічнення пам'яті академіка Володимира Липського».
Шеляг-Сосонко Ю. Р., Зиман С. М. Видатний флорист і організатор науки. До 120-річчя від дня народження В. І. Липського // Вісник АН УРСР. — 1983. — Т. 9. — С. 94-96. — ISSN0372-6436.
Береговий П. М. Володимир Іполитович Липський / П. М. Береговий, М. А. Лагутіна // Видатні вітчизняні ботаніки.— Вид. 2-е.— К., 1969.— С. 119—123.
Доброчаєва Д. М. Життя, повне сонця і тепла / Д. М. Доброчаєва, Г. П. Мокрицький // Аксіоми для нащадків: укр. імена у світовій науці.— Л., 1991.— С. 169—185.
Липский Владимир Ипполитович / Т. П. Бабий, Л. Л. Коханова, Г. Г. Костюк [и др.] // Биологи: биогр. справ. — К., 1984.— С. 373—374.
Осіюк Л. Дослідження вищих рослин ученими Київського університету св. Володимира / Л. Осіюк // Біологія і хімія в шк. — 1999.— № 5.— С. 47.
Салівон А. Володимир Іполитович Липський (1863—1937) / А. Салівон // Біологія і хімія в шк. — 1998.— № 4.— С. 41-42.
Шендеровський В. Неперевершений знавець природи / В. Шендеровський // Уряд. кур'єр.— 2003.— 19 лип. — С. 11.
Крецул Н. І. Роль гербарію в науковій діяльності Липського В. І. 1887—1917 рр. // Історія української науки на межі тисячоліть: 3б. наук. праць /Відпов. ред. О. Я. Пилипчук. -Київ, 2001. -Вип. 5. — С. 120—124.
Крецул Н. І. В. І. Липський − організатор ботанічних садів // Історія української науки на межі тисячоліть: 3б. наук. праць /Відпов. ред. О. Я. Пилипчук. -Київ, 2001. -Вип. 6. — С. 94-99.
Крецул Н. І. Володимир Липський про ботанічні сади Європи //Історія української науки на межі тисячоліть: 3б. наук. праць /Відпов. ред. О. Я. Пилипчук. — Київ, 2002. — Вип. 7. — С.120-126.
Крецул Н. І. Флористичні дослідження В. І. Липського // Історія української науки на межі тисячоліть: 3б. наук. праць /Відпов. ред. О. Я. Пилипчук. -Київ, 2002. -Вип. 8. — С. 157—163.
Історія української бібліотечної справи в іменах (кінець ХІХ ст. — 1941 р.): матеріали до біобібліографічного словника / авт.-уклад. Л. В. Гарбар ; ред. кол.: Г. В. Боряк, Л. А. Дубровіна (голова), В. І. Попик та ін. ; НАН України, Нац. б-ка України ім. В. І. Вернадського, Ін-т рукопису. — Київ, 2017. — C. 255. http://irbis-nbuv.gov.ua/everlib/item/er-0002146 [Архівовано 27 березня 2019 у Wayback Machine.]
↑О.В. Даниленко; Л.В. Іваницька; Н.В. Терес (2007). Діячі науки і культури України : нариси життя та діяльності. Київ: Книги - ХХ. с. 250. ISBN978-966-8653-95-7.