Перший дерев'яний костел був побудований в XIV столітті. Точна дата зведення храму невідома, але перша згадка про костел датується 27 вересня 1363 року. Йшлося про прохання Казимира Великого до папи Урбана V про індульгенцію на відвідування храму в річницю його освячення. Костел згорів у 1407 році під час антиєврейських бунтів. Заворушення спалахнули 29 березня 1407 року після того, як канонік Будек виголосив проповідь у вівторок після Великодня в костелі Святої Барбари, в якому він звинуватив євреїв, які проживали в Кракові, у вбивстві християнської дитини. За словами Яна Длугоша, деякі євреї, тікаючи від погрому, сховалися у вежі костелу св. Анни. Натовп підпалив вежу, змусивши їх здатися.[2]
Другий костел (1407—1689)
На місці згорілого храму того ж року повстав мурований костел в готичному стилі. Його фундатором був король Владислав Ягайло, з його ініціативи у 1418 році костел перейшов під опіку Краківської академії. У 1428 році за часів пароха Яна з Велуня було розширено святиню. У 1473 р. похований у костелі св. Анни професор Краківської академії Ян Канті. У 1535 році єпископ Петро Томіцький оголосив костел колегіальним і заснував при ньому капітул колегіату. У 1539 р. була виготовлена нова труна для Яна Канті, а в 1549 р. на кошти ректора Краківської академії Якуба Фределя — новий ренесансний надгробок.
У 1680 році Папа Інокентій XI беатифікував Яна Канті. Через зростання культу святого професори Академії вирішили знести костел і побудувати на його місці більший, здатний вмістити всіх паломників, які відвідують могилу Яна Канті. Костел було зруйновано 1689 року коштом Академії.
Будівництво третьої церкви (1689—1703)
У рік знесення колегіати було закладено наріжний камінь під будівництво нового храму. Оригінальний проект костелу, запропонований архітектором Тильманом із Гамерена, посилався на план римського костелу Сан-Карло аї Катінарі, який також послужив натхненням для університетського костелу паризької Сорбонни. Професори Академії відхилили проект і запропонували Тильману як зразок план костелу Сан-Андреа-делла-Валле, який перебував під опікою театинського ордену — конкурентів єзуїтів, оскільки краківські вчені хотіли перевершити костел св. Петра і Павла, яким керували єзуїти. Тильман з Гамерена зробив новий проект, який був прийнятий і розпочато будівництво. З 1692 р. будівельними роботами керував отець Себастьян Ян Піскорський — парох і професор Краківської академії. У 1695 році церква була недобудована і ще не мала купола.
Колегіальний капітул закінчився в 19 столітті. 27 вересня 1993 року отець Францішек Махарський відновив капітул, призначивши водночас пропектора, кустодія, пенітенціарія та чотирьох генеральних каноніків.
Храм часто відвідував єпископ Кароль Войтила, а згодом Папа Іван Павло ІІ. Він служив меси, проповідував на реколекціях і зустрічався зі студентами. Він сповідав вірних, про що нагадувала табличка, прикріплена над гратами сповідальниці в лівій частині храму. Він здійснив приватне паломництво до гробу св. Іоанна Кетського. 19-21 грудня 1960 р. виголошував у церкві проповідь для заручених. Побудуйте будинок на скелі[3]. Уже будучи Папою, він відвідав колегіату в неділю, 8 червня 1997 року, в рамках 6-ї апостольської подорожі до Польщі.
Фасад
Фасад двоярусний, фланкований двома вежами, увінчаними куполами в стилі пізнього бароко. Його форма нагадує фасад церкви Сант'Анастазії в Римі. Другий ярус увінчаний трикутним фронтоном. На фронтоні — барельєф із зображенням Ока Божого Провидіння. Над головним порталом напис латинською мовою про Святу Анну як господиню цієї церкви. Над вікном другого поверху — барельєф із зображенням Мадонни з немовлям. Над бічними входами — рельєфи ангелів. У нішах на фасаді розміщено фігури 4 святих:
Вся композиція фасаду розроблена так, щоб він найкраще виглядав у косому вигляді з вузької вулиці св. Анни. Бо під час будівництва костелу парку Планти ще не існувало, а нинішня вулиця Св. Анни (тоді вул. Жидовська) була закрита оборонними мурами.
Інтер'єр
Споруда однонавна з бічними каплицями та трансептом і прямим закритим вівтарем. Нава має циліндричне склепіння з люнетами, а над її перетином з трансептом підноситься восьмигранний купол з тамбуром. Каплиці з'єднані між собою переходами, завдяки чому вони нагадують приділи, тому цю церкву часто помилково приймають за тринавну. Тут 6 каплиць, у тому числі 2 склепінчасті з куполами. Покликання каплиць є:
Багате внутрішнє оздоблення (включаючи вівтарні образи) розроблено та виконано Бальтазаром Фонтаною, картини намалював Кароль Данкварт та Іннокентій Монті. Костел вважається однією з найкрасивіших барокових споруд Польщі.
Пресвітерій
Головний вівтарний образ був розроблений Бальтазаром Фонтаною та виготовлений Яном Лішковичем. У ній міститься зображення Св. Анни Самотшеці, художник Юрій Семигиновський. Фігури святих з боків (св. Станіслава та св Войцеха) виліпив Фонтана у 1701 році. Стайки були зроблені в 1730 році Яном Ольбросовичем. На їхніх спинах у 1741 році Шимон Чехович написав 4 сцени:
Благовіщення Пресвятої Богородиці
Зустріч св. Анни і св. Йоахима
Різдво Пресвятої Богородиці
Св. Анна з Марією та Йоакимом
Амвон з ангелом, який його підтримує, вирізьблений у 1727 році. Антоній Фронкевич.
Хрестильну купіль відлив у 1646 році Якуб Ерліхер. Це єдине вціліле устаткування попередньої церкви.
На передній стіні розміщено Благовіщення, а на склепінні в трьох послідовних відсіках: Святий Дух (ліпне), Непорочність (мальоване), Різдво (ліпне).
На бічних стінах пресвітерію, одна навпроти одної, технікою ангризайль намальовано Марію та Ісуса. Вони були підписані не своїми іменами, а цитатами зі Святого Письма:
Марія: Domus Dei — Дім Божий
Ісус: Caput Anguli — Наріжний камінь
Нефа
У наві є продовження цієї теми у вигляді 12 апостолів, написаних технікою ангризайль і підписаних не своїми іменами, а назвами коштовних каменів. Це:
У церкві св. Анни, назви каменів були присвоєні апостолам, посилаючись на 12 шарів Святого Міста, зображеного в Апокаліпсисі св. Яна. Апостоли були розміщені на стовпах, щоб показати, що вони є стовпами Церкви.
На стінах нави, над арканом, що веде до каплиць, були намальовані сивіли у вигляді язичницьких пророчиць, які сповістили про прихід у світ Христа. Над сивілами ліпнина, що тримає сувої з іменами людей із роду Ісуса. Над ними розмальовані золотом фігури ангелів тримають щити з атрибутами Марії.
На стелі зображено Апокаліптичний Агнець, 24 старці, серафими та книга з сімома печатками. На хорах — величний орган на 26 голосів першої чверті ХVІІІ ст., фундований отцем Гжегожем Охабовичем, а над хорами зображено явлення св. Яна. На вітрилах купола розміщені алегорії кардинальних чеснот, а на самому куполі зображено Хвала Господню та назви перших чотирьох Вселенських соборів.
Трансепт
У правому, або південно-східному рукаві трансепту, знаходиться сповідь св. Яна Канти, де покояться останки святого покровителя Ягеллонського університету,канонізованого 1767 року. Це монументальний кам'яний бароковий вівтар роботи Бальтазара Фонтани. Труну з останками святого несуть 4 висічені в камені фігури чоловіків, які символізують 4 факультети Краківської академії:
Теологічний
Філософський
Юридичний
Медичний
На 4 колонах, встановлених навколо вівтаря, знаходяться статуї 4 Святих Іоаннів — тезки професора:
На труні стоїть скульптурне погруддя Яна Канті, виконане в XIX столітті Францішеком Виспянським, батьком Станіслава Виспянського.
Поліхромії на стінах із зображенням сцен із життя св. Яна Канти виконав Іннокентій Монті, а Прославлення св. Яна з Кентів на склепінні намалював Кароль Данкварт з Ниси.
У лівій частині трансепту розміщено класицистичний пам'ятник Миколі Копернику, відкритий у 1823 р., на кошти та за проектом кс. Себастьяна Сераковського. Це перший пам'ятник цьому вченому в Польщі. Існує також ліпнина "П'єта" Бальтазара Фонтани та картини: "Христос у величі", "Arma Christi", "Жертвоприношення Авраама" та "Мідний змій", "Знайдення хреста імператрицею Оленою" та "Підняття хреста імператором Іраклієм". На стіні є епітафіяЮліуша Словацького, фінансована його матір'ю. Виготовили їх Едвард Стелік і Владислав Олещинський (медальйон). У трансепті поховані двоє слуг Божих: Єжи Цесельський (у південно-східному рукаві трансепту) та єпископ Ян П'єтрашко (у північно-західному рукаві трансепту).