Елеонора Маргарита народилась 23 вересня 1679 року у Веферлінгені сьомою дитиною і четвертою донькою в родині принца Гомбурзького Фрідріха II та його другої дружини Луїзи Єлизавети з роду Кеттлерів. Фрідріх того ж року викупив закладене старшим братом ландграфство Гессен-Гомбурзьке і місто Гомбург і оселився в ньому, ставши ландграфом.
Герфордський монастир
Виховувалася Елеонора Маргарита матір'ю і тіткою з материнського боку у ревному дусі реформатської віри. Тітка, Шарлотта Софія Курляндська, була з 1688 року абатисою Герфордського монастиря.
Принцесу описували як красиву та розумну дівчину. Римський король Йосип Габсбург 1698 року робив їй пропозицію шлюбу, та вона її відхилила через небажання навертатися до римо-католицької віри.
Historischer Verein für Hessen: Archiv für hessische Geschichte und Altertumskunde, Im Selbstverlag des Historischen Vereins für das Grossherzogtum Hessen, Ausg. 21, 1861
Johann I. von Gerning: Die Lahn- und Main-Gegenden von Embs bis Frankfurt S. 154 f. [1] [Архівовано 3 грудня 2015 у Wayback Machine.]
