Займався комерційними справами, але в той же ж час ретельно досліджував та вивчав нижчі морські тварини. Елліс один з перших вчених, які встановили тваринну природу коралових і деяких інших кишковопорожнинних та мохуваток, яких він у більшості випадків збирав сам на берегах Англії. Елліс вперше описав велике число знайдених ним організмів та перший намагався встановити систематику коралів. Окрім цього, Елліс, користуючись для своїх досліджень мікроскопом, сприяв поліпшенню мікроскопічної техніки.
Елліс був назначений королівським агентом у Західну Флориду у 1764 році та у Домініку у 1770 році, у результаті цих подорожей він імпортував до Англії багато тропічних рослин та насіння.
Елліс листувався із багатьма ботаніками, у тому числі і з Карлом Ліннеєм.
↑Quattrocchi, Umberto (2000). CRC World Dictionary of Plant Names, Volume II, D–L. Boca Raton, Florida: CRC Press. ISBN978-0-8493-2676-9.
Джерела
Julius Groner, Paul Frederick Sinel Cornelius: John Ellis: Merchant, Microscopist, Naturalist, and King's Agent : A Biologist of His Times. Boxwood Press 1996