Після початку експлуатації десантних кораблів класу Whidbey Island з чотирма LCAC стало зрозумілим, що для них корабель перевозить замалу кількість військового спорядження. Командування ВМС США вирішило збудувати для десантних формувань Amphibious Ready Group кораблі з більшою площею вантажних палуб. Для заощадження часу і коштів було вирішено модифікувати кораблі класу Whidbey Island у проекті LSD 41 Cargo Variant (LSD 41 (CV)). Вже 1988 було підписано контракт на проектування і 1991 закладено перший корабель нового класу на корабельні Avondale[en] у Новому Орлеані штату Луїзіана, де зібрали останні пять кораблів класу Whidbey Island. То ж маючи досвід будівництва, 1991, 1992 роках заклали наступні кораблі запланованої серії з 12 кораблів. Але у 1990-х роках після розпаду СРСР були переглянуті бюджетні витрати і Сенат 1995 виділив кошти на будівництво останнього корабля серії, який 1998 прийняли до складу флоту.
Конструкція
При схожих розмірах (довжина 185,6 м, ширина 25,6 м) кораблі класу Harpers Ferry переважають сестринський клас Whidbey Island по вантажоперевезенню за рахунок зменшення майже вдвоє десантної палуби (LSD-41 довжина 134 м), де розміщується два LCAC замість чотирьох. У кормі розміщена апарель для їхнього виходу в море. На верхній палубі є місце для посадки двох гелікоптерів, але відсутній ангар для їхнього перевезення. Вантажні крани на верхній палубі пришвидшують завантаження і вивантаження техніки, вантажів з десантної палуби (англ.Welldeck[de]).
Без змін застосували моторне відділення з чотирма 16-циліндровими дизелями Colt Industries, що попарно приводять в рух два п'ятилопатеві гребні гвинти (30.000 к.с. на вал). Лопаті гвинтів можуть змінювати своє положення, що полегшує маневрування, десантування з кораблів. Чотири дизельгенератори Fairbanks, Morse and Company потужністю по 1,3 МВт надають кораблям електроенергію. Кораблі розвивають швидкість більше 20 вузлів і при 20 вузлах можуть пройти без дозаправки 8000 м. миль.
Десантні кораблі класу Harpers Ferry повинні застосовуватись у складі Експедиційних ударних угрупувань (англ.Expeditionary Strike Groups). Вони повинні групуватись навколо універсального десантного корабля класу Tarawa, Wasp і перебувати у супроводі 3 ракетних есмінців чи крейсерів, атомного підводного човна. У таких операціях кораблі класу Harpers Ferry виконують роль вантажного корабля постачання.
Також їх використовували у гуманітарних операціях після урагану Катріна (2005), землетрусу в Індійському океані (2004). Гелікоптери, судна LCAC з їхніх палуб доволі швидко переправляють значні обсяги вантажів на берег.