Генріх Мюллер народився 28 квітня 1900 року в Мюнхені, був єдиною дитиною в родині колишнього поліцейського, згодом дипломованого садівника католика Алоїза Мюллера та його дружини Анни.
Спершу Генріх відвідував школу в Інгольштадті, потім — у Шробенгаузені. Навчався досить добре, однак вирізнявся на фоні однолітків надмірною підозрілістю та схильністю до брехні. В 1914 році був зарахований помічником механіка Баварських авіаційних майстерень. 1917 року записався добровольцем на фронт, 11 червня того ж року був зарахований у Люфтваффе, до 1918 року завершив льотну підготовку і з квітня воював на Західному фронті, скоїв самостійний наліт на Париж. 13 липня 1919 року демобілізувався в званні віце-фельдфебеля, був кавалером Залізного Хреста 2-го і 1-го класів.
Міжвоєнний період
1 грудня 1919 року поступив на службу до мюнхенської поліції, в 1920 році був переведений у службу безпеки управління поліції Мюнхена, де його обов'язком була боротьба з рухами лівої орієнтації (комуністи, марксисти і т. д.). У 1923 році отримав середню освіту, тоді ж обійняв посаду асистента в поліції.
17 червня 1924 Генріх Мюллер одружився з дочкою заможного власника друкарні і видавця Отто Дішнера Софією, з якою познайомився ще в 1917 році за досить прозових обставин: вони разом чекали одного трамваю. Шлюб складався не дуже вдало, часто подружжя жили окремо. Будучи шефом Гестапо, Мюллер завів собі коханку. У їхньому шлюбі народилося двоє дітей: син Рейнхард і дочка Елізабет. Потрібно відзначити, що дружина Мюллера прожила 90 років і померла 3 березня 1990 в Мюнхені.
1929 року склав на «дуже добре» іспит за фахом і обійняв посаду секретаря поліції.
1 вересня 1933 Мюллера було переведено до Баварської політичної поліції, яка стала незалежною і перебувала у підпорядкуванні Рейнхарда Гейдріха. Гейдріх високо цінував професійні якості «мовчазного баварця» і постійно приділяв йому всіляку підтримку і просував у службі. 20 квітня 1936 Г. Мюллер став членом СС, отримав звання Штурмфюрера СС і був зарахований до Головного управління СД. «Як Мюллер дослужився до керівної посади в СС — нам не зрозуміло», — писало місцеве керівництво НСДАП в Мюнхені 1936 року. В політичній поліції, потім — Гестапо у відділі II 1, Мюллер займався боротьбою з комуністами, марксистами, профспілковими рухами і т. д., був відмінно знайомий з радянською системою державної безпеки, якою захоплювався. У 1935 році керував об'єднанням баварської політичної поліції і Гестапо. Особисто керував складанням картотеки Гестапо.
Досить швидко просувався службовими сходами в СС: у квітні 1936 року отримав звання штурмбанфюрера СС, в листопаді — оберштурмбанфюрера СС, 1937 — штандартенфюрера СС. Після анексії Австрії кілька місяців був там інспектором поліції безпеки і СД. Вступив до НСДАП лише 31 травня 1939 року. Особисто керував «нападом» на радіостанцію в Гляйвіце, що послужило приводом до початку Другої Світової війни. Швидко продовжував кар'єрний ріст: у 1939 році він отримав звання Оберфюрер СС, в 1940 — генерал-майора поліції і Бригадефюрер СС, а в 1941 — генерал-лейтенанта поліції і групенфюрера СС, — у цьому званні він і закінчив війну.
У 1941 році призначений уповноваженим з питань східно-європейських країн, відповідав за знищення радянських військовополонених і депортацію радянських громадян. У його безпосередньому підпорядкуванні знаходився відділ, що здійснював «превентивні арешти», наказ про які віддавав особисто він. Був одним з небагатьох людей в Третьому Рейху, хто був інформований про всі події, що відбуваються. 20 січня 1942 року брав участь у Ванзейській конференції з «остаточного вирішення єврейського питання». Керував масовими арештами після 20 липня 1944 року, особисто заарештував шефа V управління РСХААртура Небе.
З низки відомостей групенфюрер СС Г. Мюллер покінчив життя самогубством в будівлі рейхсканцелярії. О першій годині ночі 2 травня 1945 року начальник імперської служби безпеки (ця служба займалася виключно охороною Гітлера) групенфюрер СС Ганс Раттенхубер, залишаючи рейхсканцелярію, запропонував Мюллеру йти з ним, але той відмовився, сказавши «Ні, Ганс, режим впав, і я впав разом з ним». У липні-серпні 1945 року союзна адміністрація розпорядилася розкрити всі могили в центрі Берліна і перепоховати трупи. Ніби-то на території Імперського міністерства авіації в груповій могилі був виявлений труп у формі группенфюрера СС, а в нагрудній кишені було знайдено посвідчення на ім'я Генріха Мюллера, тіло було перепоховане на єврейському кладовищі «Гроссгамургштрассе». Проте ексгумація трупа 25-27 вересня 1963 року не дала підтвердження смерті шефа Гестапо, було встановлено, що останки належать як мінімум трьом особам.
Існує ряд версій з приводу зникнення Мюллера. Вальтер Шелленберг, наприклад, заявляв, що Мюллер ще під час війни встановив зв'язок з радянською розвідкою і після війни переховувався в СРСР. А близько 15 років тому в США вийшла книга і телепередача, автор якої розповідає про свої зустрічі з колишнім шефом Гестапо в 50-х роках в Америці …
Зегер А. Гестапо-Мюллер. Карьера кабинетного преступника. — Ростов-на-Дону: Феникс, 1997. — 384 с. — ISBN 5-85880-445-4.
Gregory Douglas: Geheimakte Gestapo-Müller – Dokumente und Zeugnisse aus den US-Geheimarchiven, Druffel-Verlag, Berg am Starnberger See 1995, ISBN 3-8061-1104-9
Schneider J.W., Their Honor was Loyalty!, R. James Bender Publishing, 1977