У дорослому футболі дебютував 1994 року виступами за «Палмейрас», в якому провів чотири сезони, взявши участь у 50 матчах чемпіонату і виграв з командою один чемпіонат Бразилії та два чемпіонати штату. На початках Вагнер програвав конкуренцію Роберто Карлосу, але коли в 1995 році майбутній чемпіон світу перейшов до «Інтернаціонале», Вагнер під керівництвом Вандерлея Лушембурго став стабільно грати за основну команду. Втім 1997 року в команді з'явився новачок Жуніор, теж майбутній чемпіон світу і Вагнер змушений був наступного року покинути команду.