З 1975 бере участь у змаганнях на першість світу. Двічі грав у кандидатських матчах на першість світу. У 1986 році він програв Андрію Соколову (+ 0, = 4, − 4) і в 1988 році програв Лайошу Портішу (+ 0, = 5, − 1).
Переміг у більше, ніж тридцяти міжнародних шахових турнірах.
На думку самого Ваганяна, найкращим для нього був 1985 рік, коли він виграв чотири міжнародні турніри підряд, в тому числі Міжзональний турнір, в якому не зазнав жодної поразки і набрав 12,5 очок з 17 можливих.[2]
Після розпаду СРСР грав за збірну Вірменії. З цією командою взяв участь у шести шахових олімпіадах (чотири рази на першій дошці, один раз на другій, і один раз на третій). В двох з них: 1992 та 2004 рр.. команда Вірменії завойовувала бронзові нагороди. Причому на останній показав найкращий результат серед всіх учасників (7 перемог, 5 нічиїх, 0 поразок; 9,5 очок з 12 можливих — 79,2 %).[3]
В останні роки живе в Німеччині, неподалік від Кельна, з дружиною (колишньою шахісткою) і двома дітьми. Багато сезонів грає в Бундеслізі за клуб «Порц».
З 1967 до 2011 рр. провів 1808 офіційних ігор. З них переміг у 647 партіях, 831 звів у нічию та програв у 330.
Станом на березень 2013 р. займав 364 позицію у світовому рейтингу (329 — серед активних шахістів), 285 (261) — в європейському рейтингу і 13 (12) у національному.
Більшість колег Ваганяна вважають, що якби він більше займався шахами — хоча б по годині на день, якби суворо дотримувався спортивного режиму, якби у нього був постійний тренер, який поставив йому дебют, як ФурманКарпову, він міг би досягти набагато найкращих результатів. Ботвинник якось зауважив, що Ваганян грає так, ніби до нього шахів не існувало.
«З Рафаелем Ваганяном завжди важко грати, тому що він — майстер несподіваних рішень і специфічних імпровізацій. Будь-яка партія для нього — творчість, натхнення, стихія. Він мало думає про перемогу, тому що надає важливість красі і несподіванності партії.» (Анатолій Карпов)
«Такі шахісти народжуються раз на сто років. Ваганян володіє блискучою логікою, будь-який зроблений ним крок спирається на вражаючі логічні проблиски. Граючи з Ваганяном, можна надихатися ним.» (Гаррі Каспаров)
«Він володіє чимось, що змушує фігури рухатися по дошці так, як бачиться тільки йому. Його гра — це щось особливе, а я багатьох бачив на своєму віку. Він в цейтнот не раз потрапляв, хоча позицію миттєво схоплював. Відбувалося це тому, що йому хотілося не просто грати, а грати по-своєму. Може бути, тому він і не брав безпосередньої участі в боротьбі за першість світу. Тому що був він завжди не практиком, а художником шахів, фантастичним художником шахів!» (Віктор Корчний)
На цьому місці має відображатися графік чи діаграма, однак з технічних причин його відображення наразі вимкнено. Будь ласка, не видаляйте код, який викликає це повідомлення. Розробники вже працюють для того, щоби відновити штатне функціонування цього графіка або діаграми.
