Походив з династії Хіменес. Син Фернандо I, короля Кастилії і Леону, й Санчи Леонської. Після смерті батька у 1065 році Альфонсо отримав за заповітом королівства Леон і Астурію.
1067 року розпочалась війна між ним і його старшим братом Санчо II. Останній розбив Альфонсо в двох битвах — при Льянтаді 1068 року та Гальпехарі 1072 року. У другій битві Альфонсо VI потрапив в полон, і брат ув'язнив його в один зі своїх замків.
Через деякий час Альфонсо вдалося втекти, і він знайшов притулок при дворі аль-Мамуна, толедського еміра. Дізнавшись в 1072 року про смерть Санчо II, Альфонсо таємно виїхав з Толедо, і був оголошений королем Кастилії.
Молодшого брата Гарсію, що правив Галісією, у 1072 році він підступом захопив у полон і тримав в строгому ув'язненні до самої його смерті. В результаті Альфонсо VI опанував всім батьківським статком, оголосивши себе королем Кастилії, Леона, Астурії, Галісії та Португалії.
Скориставшись тим, що аль-Мутамід, емір Севільї допомагав брату Гарсії, король почав проти нього війну. Еміру вдалося відвернути навалу християн тільки обіцянкою виплачувати більшу данину. У 1077 році він оголосив себе імператором (цей титул ніхто за межами Піренейського півострова не визнав).
У 1082 році звинувативши мусульман у затримці данини, Альфонсо VI підступив до Севільї і три дні облягав її. Незабаром після цього містяни Толедо вигнали з міста еміра аль-Кадіра. У 1084 році Альфонс повернув йому Толедо, зажадавши за це збільшення данини і передачі деяких фортець.
1085 року, зібравши велике військо (було запрошено чимало французьких феодалів, насамперед бургундців), Альфонсо VI вдруге підступив до Толедо. Після недовгої облоги аль-Кадір погодився капітулювати. 25 травня 1085 року король урочисто в'їхав до стародавньої столиці Вестготського королівства.
Налякані успіхами Альфонсо VI, мусульманські еміри закликали на допомогу Юсуфа, вождя африканських Альморавідів. У жовтні 1086 року в битві при Саграхасі він завдав християнському війську нищівної поразки. Християни зазнали величезних втрат.
У 1108 році Алі ібн Юсуф завдав поразки кастильському війську у битві при Уклес. У цій битві загинув Санчо, єдиний син Альфонсо VI. Втрата ця так вразила короля, що він захворів і 1109 року помер у м. Толедо. Поховано у монастирі Саагун. Владу успадкувала його донька Уррака.
Arco y Garay, Ricardo del (1954). Sepulcros de la Casa Real de Castilla(ісп.). Madrid: Instituto Jerónimo Zurita. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. OCLC11366237.
Barton, Simon (2015). Spain in the Eleventh Century. У David Luscombe, Jonathan Riley–Smith (ред.). The New Cambridge Medieval History. Т. 4, c.1024–c. 1198, Part II. Madrid: Cambridge University Press. ISBN9781107460638.
Canal Sánchez-Pagín, José María (1991). Jimena Muñoz, amiga de Alfonso VI. Anuario de Estudios Medievales(ісп.). Barcelona: Universidad de Barcelona; Instituto de Historia Medieval de España; CSCIC (21): 11—40. ISSN0066-5061.
Canal Sánchez-Pagín, José María (2003). El conde Gómez González de Candespina: su historia y su familia. =Anuario de Estudios Medievales(ісп.). Universidad de Barcelona; Instituto de Historia Medieval de España; CSCIC (33): 37—68. Архів оригіналу за 11 грудня 2017. Процитовано 3 січня 2018.
Douglas, David C. (1964). William the Conqueror: The Norman Impact upon England. London: Eyre & Spottiswood. OCLC930444939.
Estepa Díez, Carlos; Fernández González, Etelvina; Rivera Blanco, Javier, ред. (2012). Alfonso VI y su legado. Actas del Congreso Internacional. IX Centenario de Alfonso VI(ісп.). León: Diputación de León. ISBN978-84-89410-22-0.
Elorza, Juan C.; Vaquero, Lourdes; Castillo, Belén; Negro, Marta (1990). Junta de Castilla y León. Consejería de Cultura y Bienestar Social (ред.). El Panteón Real de las Huelgas de Burgos. Los enterramientos de los reyes de León y de Castilla(ісп.). Publisher Evergráficas S.A. ISBN84-241-9999-5.
Gambra, Andrés (1997). Alfonso VI. Cancillería, curia e imperio(ісп.). Т. Vol. I. Estudio. León: Centro de Estudios e Investigación «San Isidoro», Caja España y el Archivo Histórico Diocesano de León. ISBN8487667287.
Guichard, Pierre (1989). Historia de España/ 3, Al-Andalus: musulmanes y cristianos (siglos VIII - XIII), capítulo 4: los nuevos musulmanes(ісп.). Planeta. с. 591. ISBN9788432083730.
Houben, Hubert (2002). Roger II of Sicily: A Ruler Between East and West. New York: Cambridge University Press. ISBN9780521652087.
Huici Miranda, Ambrosio (1954). El sitio de Aledo(ісп.). Т. 3. с. 41—55. Архів оригіналу за 25 вересня 2019. Процитовано 3 січня 2018. {{cite book}}: Проігноровано |magazine= (довідка)
Martin, George (2010). Hilando un reino. Alfonso VI y las mujeres. E-Spania. Revue interdisciplinaire d'etudes hispaniques médievales e modernes(ісп.). Архів оригіналу за 2 грудня 2017. Процитовано 3 січня 2018.
Martínez Díez, Gonzalo (2003). Alfonso VI: Señor del Cid, conquistador de Toledo(ісп.). Madrid: Temas de Hoy, S.A. ISBN84-8460-251-6.
Mattoso, José (2014). D. Afonso Henriques(порт.) (вид. 2nd). Lisboa: Temas e Debates. ISBN978-972-759-911-0.
Palencia, Clemente (1988). Historia y leyendas de las mujeres de Alfonso VI. Estudios sobre Alfonso VI y la Reconquista de Toledo(ісп.). Toledo: Instituto de Estudios Visigótico-Mozárabes de San Eugenio. с. 281—290. ISBN8450569826.
Pallares Méndez, María del Carmen; Portela, Ermelindo (2006). La Reina Urraca(ісп.). San Sebastián: Nerea, Seria media, 21. ISBN978-84-96431-18-8. Архів оригіналу за 15 лютого 2017. Процитовано 3 січня 2018.
Pérez Gil, Javier; Sánchez Badiola, Juan José (2002). Monarquía y monacato en la Edad Media peninsular: Alfonso VI y Sahagún(ісп.). León: Universidad de León. ISBN84-7719-811-X.
Quintana Prieto, Augusto (1969). Jimena Muñiz, madre de Doña Teresa de Portugal. Revista Portuguesa de Historia(ісп.). 12: 223-80.
Salazar y Acha, Jaime de (2007). De nuevo sobre la mora Zaida. Hidalguía. La revista de genealogía, nobleza y armas(ісп.). Madrid: Asociación de hidalgos de fuero de España (321, March–April). ISBN9788495215291. ISSN0018-1285. Архів оригіналу за 4 січня 2018. Процитовано 3 січня 2018.
Sánchez Candeira, Alfonso (1999). Rosa Montero Tejada (ред.). Castilla y León en el siglo X, estudio del reinado de Fernando I(ісп.). Madrid: Real Academia de la Historia. ISBN978-84-8951241-2.
São Payo, Luiz de Mello Vaz de (2002). A Herança Genética de D. Afonso Henriques(порт.). Porto: Universidade Moderna.
Torres Sevilla-Quiñones de León, Margarita Cecilia (1999). Linajes nobiliarios de León y Castilla: Siglos IX-XIII(ісп.). Salamanca: Junta de Castilla y León, Consejería de educación y cultura. ISBN84-7846-781-5.
Vajay, Szabolcs de (1986), Structures de Prouvoir et Reseaux de Familles du VIIIe au XIIe Siecles, Genealogica & Heraldica: Actas de 17o Congresso das Ciencias Genealogica e Heraldica(фр.), с. 275—315.