В липні 2010 року став головним тренером клубу «Зонненгоф Гросашпах», що грав у Регіоналлізі «Південь». У сезоні 2011/12 клуб посів друге місце, втративши шанси виграти лігу за два тури до закінчення турніру[3].
У сезоні 2013/14 «РБ Лейпциг» зайняв друге місце[7], забезпечивши собі вихід у Другу Бундеслігу, і, поступившись переможцю турніру Гайденгайму, лише за різницею м'ячів. 11 лютого2015 року контракт Цорнігера з лейпцизьким клубом був розірваний за згодою сторін[8].
25 травня2015 року «Штутгарт» оголосив, що Александер Цорнігер буде наступним головним тренером клубу після закінчення контракту Губа Стевенса[9]. Контракт німецького фахівця був розрахований на 3 роки, до 30 червня2018 року, втім вже 24 листопада 2015 року Цорнігер був звільнений з поста головного тренера «Штутгарта», після того як команда після 13 турів з 9 поразками перебувала в зоні вильоту[10].
У 2016–2019 року був головним тренером данського клубу «Брондбю», з яким у сезонах 2016/17 і 2017/18 ставав віце-чемпіоном Данії, а в 2018 році також виграв Кубок Данії.
З 2021 року протягом сезону був головним тренером кіпрського клубу «Аполлон» (Лімассол).