У віці 24 років Єлизавета Амалія взяла шлюб із 33-річним ліхтенштейнським принцом Алоїзом. Весілля відбулося 20 квітня 1903 у Відні. З метою підкреслити увагу на тому, що Австрія вважає Ліхтенштейнів повноправною правлячою династією, на церемонії був присутнім імператор Франц Йосиф I.
Катерина Радзивілл описувала Єлизавету Амалію невдовзі після одруження як дуже красиву жінку, більше схожу на матір, ніж на представників Габсбургів, зауважуючи, що їхню фамільну нижню губу вона не успадкувала.
Проживала пара у різних замках Австрії. Їхній первісток з'явився у замку Фрауенталь. Хрещеним батьком новонародженого також став Франц Йосиф I, на честь якого хлопчик і отримав своє ім'я. Всього ж у шлюбі народила восьмеро дітей:
Ульріх Дітмар (1913—1978) — не одружувався, дітей не мав;
Марія Генрієтта (1914—2011) — дружина графа Петера фон унд цу Елць, мала з ним трьох синів;
Алоїз Генріх (1917—1967) — не одружувався, дітей не мав;
Генріх Гартнайд (1920—1993) — був одружений із графинею Амалією Подштацькі-Ліхтенштейн, мав сина та двох доньок.
1908 року Алоїз зробив резиденцією сім'ї замок Ґросс-Улленсдорф у чеській частині імперії, поблизу міста Шумперк.
Єлизавета Амалія була пристрасною автомобілісткою. В її колекції була 31 автівка. Більшість стаєнь замку Секешфегервару були, за її наказом, перетворені на гаражі, замість конюхів — на роботу взяті механіки та шофери. Чоловік не поділяв її захоплення, в своєму оточенні він вважався заповзятим книжником. У родині Габсбургів таке хобі теж було незвичним. Правлячий дядько взагалі ніколи не користувався автомобілями. Громадськість про захоплення принцеси майже нічого не знала.[1]