У січні 2016 року портал ch-aviation повідомив, що Eurowings Europe планує розпочати роботу в середині року, обслуговуючи маршрути по всьому континенту з початкової бази у Відні.[1] Приблизно через тиждень після отримання сертифіката експлуатанта від австрійських органів цивільної авіації Eurowings Europe вилетіла з Відня до Аліканте 23 червня 2016 року, це був перший рейс.[2] Вона запозичила фірмовий стиль своєї німецької сестринської авіакомпанії Eurowings.
У вересні 2019 року Lufthansa Group оголосила, що з січня 2020 року Austrian Airlines візьме в оренду чотири Airbus A320-200, що базуються у Відні, у Eurowings Europe. Авіакомпанія також візьме на себе деякі рейси Austrian Airlines з аеропортів Зальцбурга та Інсбрука.[3] У квітні 2020 року через пандемію Covid-19 було скасовано договір про оренду чотирьох літаків Austrian Airlines у Відні.
У жовтні 2019 року Eurowings Europe придбала базу в Приштині у своєї дочірньої авіакомпанії Germanwings.[4]
У червні 2021 року було оголошено, що Eurowings Europe розширить свою європейську мережу, відкривши нову базу в аеропорту Праги, починаючи з жовтня 2021 року, з двома літаками, які базуватимуться на зимовий сезон і три на літній. Напрямки включатимуть такі європейські міста, як Барселона та Мілан, а також такі місця відпочинку, як Балеари, Канарські острови та Тель-Авів.[5]
У липні 2022 року було оголошено, що Eurowings Europe Gmbh залишить свою австрійську реєстрацію та зареєструється на Мальті та буде перейменована на Eurowings Europe Ltd.[6]