Blue Sky була заснована в лютому 1987 року Крістофером Веджом, Майклом Ферраро, Карлом Людвігом, Елісон Браун і Девідом Браун (з числа художників і техніків MAGI (англ.Mathematical Applications Group, Inc.), які працювали над фільмом кінокомпанії Уолта Діснея«Трон». У період з кінця 1980-х і в 1990-ті роки робота Blue Sky Studios полягала у виробництві телевізійних рекламних роликів та візуальних ефектів для кіно. Штаб-квартира студії розташовувалася у Вайт-Плейнсі (англ.White Plains), штат Нью-Йорк. Студія випустила понад 200 анімаційних роликів для таких організацій та компаній, як Крайслер, Марс (цукерки M&M's), General Foods, Texaco і навіть корпусу морської піхоти США.
У 1997 році студія була придбана компанією Двадцяте Століття Фокс (20th Century Fox), і об'єднана зі студією VIFX у Лос-Анджелесі. Почалася робота над створіннями візуальних ефектів для фільмів, однак, коли VIFX була продана студії Rhythm & Hues Studios, Blue Sky знову зосередила свою роботу на анімаційних фільмах. 5 січня 2009 штаб-квартира студії переїхала з Нью-Йорка в Ґринвіч, штат Коннектикут.
