В 1959-1961 в одній з московських шкіл викладала російську мову та літературу.
В 1964 після закінчення аспірантури захистила дисертацію на здобуття наукового ступеня кандидата філологічних наук на тему «Творчість Еффенді Капієва».
В 1965—1984 роках працювала у відділі рукописів Державної бібліотеки СРСР ім. Леніна. Лауреатка Премії московського комсомолу (1969). З 1970 — членкиня Спілки письменників СРСР. В 1980 році захистила дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора філологічних наук за темою «Друкована книга і рукопис: взаємодія в процесі створення і функціонування (На матеріалі художньої прози та науки про літературу 1920-1930-х рр.)».
Вже за часів реформМ. С. Горбачова почала активно критикувати радянський лад. У серпні 1993 року серед групи 36 літераторів підписала звернення з вимогою провести дострокові вибори Верховної ради Росії[9] . 15 вересня Б.н.Єльцин запросив авторів листа на дачу. Після зустрічі Чудакова писала: «Потрібен прорив!.. Сила не суперечить демократії — їй суперечить лише насильство...» [10][11].
У 2006 році створила громадську організацію «ВІНТ», яка об'єднує ветеранів «гарячих точок» та представників інтелігенції. В цей же час зробила кілька поїздок Росією з культурно-просвітницькими та громадськими цілями — читала лекції, доставляла в бібліотеки деяких міст свіжі книги та ін. [12]
2007 року увійшла до першої трійки кандидатів партії УПС на виборах до Держдуми[13]. УПС не подолала 5% бар'єр, отримавши менше 1% голосів виборців.
У травні 2018 приєдналась до заяви російських літераторів на захист українського режисера Олега Сенцова, незаконно засудженого у РФ[14].
Наукова діяльність
Є авторкою понад 200 наукових праць та статей в галузі історії літератури XX століття, історії філологічної науки та літературної критики. Основна сфера дослідницьких інтересів — історія російської літератури радянського періоду (особливо творчість М. Булгакова, Є. Замятіна, М. Зощенка, М. Козирєва), поетика, історія російської філологічної науки, архівознавство (архівна справа та її історія), текстологія [15].
Була головою Всеросійського булгаківського фонду, а також відповідальною редакторкою Тинянівських збірок.
З кінця 1980-х років, поряд з історико-літературною роботою, багато писала про гострі політичні та соціальні питання.
Основні праці
Эффенди Капиев. — М.: Молодая гвардия, 1970. — 240 с.
Мастерство Юрия Олеши. — М.: Наука, 1972. — 100 с.
Беседы об архивах. — М.: Молодая гвардия, 1975. — 222 с.
Поэтика Михаила Зощенко. — М.: Наука, 1979. — 200 с.
Беседы об архивах. 2-е изд., испр. — М.: Молодая гвардия, 1980. — 224 с.
Рукопись и книга. Рассказ об архивоведении, текстологии, хранилищах рукописей писателей. — М.: Просвещение, 1986. — 176 с.
«И книги, книги…» : О М. А. Булгакове / М. Чудакова // «Они питали мою музу…»: книги в жизни и творчестве писателей.- М.: Книга, 1986.- с. 219—247
Жизнеописание Михаила Булгакова. — М.: Книга, 1988. — 495 с.
Избранные работы. Т. 1. Литература советского прошлого. — М.: Языки славянской культуры, 2001. — 468 с.
Новые работы. 2003—2006. — М.: Время, 2007. — 560 с.
Литература в школе: читаем или проходим?. — М.: Время, 2013. — 288 с.
Нехорошая лестница. — М.: Государственный музей М. А. Булгакова, 2009. — 24 с.
Булгаков и Пастернак. — М.: Государственный музей М. А. Булгакова, 2010. — 24 с.
Художні твори
Мирные досуги инспектора Крафта. Рассказы. — М.: ОГИ, 2005. — 112 с.
Дела и ужасы Жени Осинкиной. Путешествие в трёх томах, а также последующие необычные, ужасные и счастливые истории, случившиеся с ней самой и её друзьями. — М.: Время, 2005—2007. — 317 с. (кн. 1); 383 с. (кн. 2); 305 с. (кн. 3).
Не для взрослых. Время читать! Полка первая. — М.: Время, 2009. — 208 с. — ISBN 978-5-9691-0462-4.
Не для взрослых. Время читать! Полка вторая. — М.: Время, 2009. — 208 с. — ISBN 978-5-9691-0463-1.
Не для взрослых. Время читать! Полка третья. — М.: Время, 2011. — 256 с. — ISBN 978-5-9691-0700-7.