Народився в сім'ї м'ясника. Навчався в Кільському університеті, згодом став фармацевтом. У 1823 році вперше вирушив до Південної Африки, де працював фармацевтом. Водночас Еклон збирав зразки південноафриканських рослин і до 1828 року, коли повернувся до Європи, вже мав досить об'ємну ботанічну колекцію. У 1829 році він разом з Філіпом Цейгером знову вирушив до Африки. Після повернення у 1833 році вони почали обробку зразків зібраних ними рослин. У 1838 році Еклон втретє поїхав до Південної Африки. Помер у 1868 році у Кейптауні.
Гербарій Еклона було розпродано в різні університети Європи. Основну його частину придбав Кільський університет (KIEL). Також багато зразків придбав Фердинанд Мюллер і вони зберігаються у Королівських ботанічних садах в Мельбурні (MEL).
Окремі наукові роботи
Ecklon, C.F. (1827). Topographisches Verzeichniss der Pflanzensammlung von C. F. Ecklon. 44 p.
Ecklon, C.F.; Zeyher, K.L.P. (1834–1837). Enumeratio plantarum africae australis extratropicae. 400 p.
Seemann, B.C. (1857). Ecklon und Zeyher. Bonplandia. 5: 353—354.
William H. Harvey, Otto Wilhelm Sonder, Sir William Turner Thiselton-Dyer (Editor). Flora Capensis: Being a Systematic Description of the Plants of the Cape Colony, Caffraria, & Port Natal (and Neighbouring Territories) (January 1900); ISBN 3-7682-0637-8