Народився 27 квітня1979 року в місті Аречабалета. Розпочав займатись у рідному місті, а 1991 року потрапив до академії клубу «Реал Сосьєдад». З сезону 1996/97 став виступати за дублюючу команду «Реал Сосьєдад Б», в якій провів три сезони, взявши участь у 96 матчах чемпіонату.
25 жовтня 1998 року Баркеро дебютував за першу команду у матч Ла Ліги проти «Реалу Вальядолід», замінивши Хав'єра де Педро. Цей матч так і залишився єдиним для гравця у сезоні 1998/99, а у наступному молодий бакс зіграв лише у 8 іграх (2 у старті), тому влітку 2000 року для отримання ігрової практики Хосе був відправлений у французьку «Тулузу». Однак і тут закріпитись Баркеро не зміг і до кінця року зіграв лише у 3 матчах Ліги 1, тому гравця достроково у січні було відкликано з оренди у другу половину сезону він провів у другому дивізіоні Іспанії в «Ейбарі». Тут Хосе зміг заграти і провів 20 ігор в основі (21 гру загалом) за пів сезону і забив 3 голи.
Перед сезоном 2001/02 років Баркеро знову повернувся до «Реалу Сосьєдад». За його відсутності з молодіжної команди був взяти перспективний Ігор Габілондо, який теж як і Баркеро виступав лівим півзахисником і навіть забрав номер 17. Тому Хосе змушений був обрати собі новий номер, 20, але вкотре закріпитись у рідній команді не зумів. Тому у січні, другий рік поспіль, Баркеро був відданий до кінця сезону в оренду в «Ейбар», де він знову став важливим гравцем команди. Через декілька років гравець стверджував, що час перебування в «Ейбарі» дозволив йому навчитися тактиці та відданості команді і що це допомогло загартувати його.
Сезон 2002/03 Баркеро знову провів у рідному «Реал Сосьєдаді», провів чудову кампанію і боровся за титул чемпіонат до останнього дня і фінішував на другому місці. Баркеро залишався дублером Де Педро і зіграв лише 12 ігор у цьому сезоні (11 у чемпіонаті та 1 у Кубку), починаючи у старті лише 5 ігор. У сезоні 2003/04 Баркеро дебютував у Лізі чемпіонів УЄФА, вийшовши у дебютній грі свого клубу проти «Олімпіакоса» (1:0) на стадіоні «Аноета» в Сан-Себастьяні. Незважаючи на цей дебют, Баркеро програв конкуренцію не лише де Педро, а й Габілондо, тому за пів року зіграв лише у 6 іграх і в січні по традиції знову був відданий в оренду в клуб Сегунди, на цей раз у «Полідепортіво», за яку зіграв 20 ігор.
Повернувшись 2004 року до рідного «Реалу Сосьєдад», Баркеро отримав черговий шанс завдяки трансферу Хав'єра де Педро до "Перуджі". Проте Баркеро було вже 25 років, і вічно перспективний гравець все ніяк не міг виправдати аванси. Незважаючи на те, що у сезонах 2004/05 та 2005/06 років він провів більше матчів за рідну команду ніж раніше, і в цих сезонах було проведено 15 та 17 матчів відповідно, кількість їх була далеко не такою, щоб стати основним гравцем. У 2006 році контракт з Баркеро закінчився і клуб вирішив не продовжувати його, відпустивши гравця на правах вільного агента. Загалом Баркеро зіграв за рідну команду 71 гру і забив 7 голів протягом 7 сезонів.
2006 року уклав контракт з клубом Сегунди «Альбасете», у складі якого провів наступні два роки своєї кар'єри гравця. Більшість часу, проведеного у складі «Альбасете», був основним гравцем команди, а у сезоні 2007/08 забив 11 голів за клуб[4].
В результаті у липні 2008 року Баркеро отримав шанс повернутись до Ла Ліги, ставши гравцем вищого дивізіону клубу «Нумансії». У клубі Баркеро став одним із лідерів і з 12 голами став найкращим бомбардиром клубу[5], але не зумів врятувати команду від вильоту і наступні два сезони провів з нею у Сегунді.
Після цього у 2011—2013 роках Баркеро провів свої два останні сезони у вищому іспанському дивізіоні, граючи за «Леванте»[6]. 13 квітня 2013 року «Леванте» програв вдома 0:4 «Депортіво» (Ла-Корунья), яке займало місце у зоні вильоту, після чого Баркеро звинуватив свій товаришів по команді Серхіо Бальєстероса (капітан команди), Хуанфрана, Густаво Мунуа і Хуанлу у здачі матчу. Хоча згодом Баркеро публічно вибачився перед своїми партнерам через кілька днів, відкинувши свої звинувачення, заява спонукала Футбольну лігу відкрити офіційне розслідування для вивчення можливості договірного матчу[7][8]. Не чекаючи думки LFP, «Леванте» вирішив закрити справу і наприкінці сезону він розірвав контракти з Хуанлу та Бальєстеросом і не поновив контракт з Муну. З гравців, причетних до скандалу, у складі «Леванте» залишився лише Хуанфран. Баркеро, чиї стосунки зі своїми товаришами по команді були затьмарені цим інцидентом, теж змушений був покинути клуб. Загалом у Ла Лізі за кар'єру Баркеро провів 159 ігор і забив 30 голів.
Влітку 2013 року Баркеро на правах вільного агента перейшов до клубу «Реал Сарагоса» з Сегунди. У першому сезоні у складі сарагоського «Реала» здебільшого виходив на поле в основному складі команди, а клуб був одним з претендентів на підвищення у класі, втім провів невдалий сезон і став лише 14-им. Після цієї невдачі у клубу почались економічні проблеми і він вирішив відмовитись від Баркеро, головним чином через його зарплату, найвищу серед гравців, близько 400 000 євро. Гравець і клуб домовились про розірвання контракту. Надалі півзахисник намагався знайти собі нову команду, але так і не знайшовши, у лютому 2015 року оголосив про завершення ігрової кар'єри[9].
Виступи за збірні
1997 року дебютував у складі юнацької збірної Іспанії (U-18). З командою до 20 років поїхав на молодіжний чемпіонат світу 1999 року, де забив два голи, включаючи голі у фіналі, а Іспанія вперше у своїй історії здобула золоті медалі чемпіонату[10]. Загалом на юнацькому рівні взяв участь у 20 іграх, відзначившись 5 забитими голами.
