Між тим 1291 року помер брат Хайме — Альфонсо III, король Арагону. Таким чином, Хайме став новим володарем Арагону, Валенсії та Каталонії. Цього ж року він відправив 5 кораблів на поміч Генріху II, королю Кіпру, який на той час захищав Акру.
Король Арагону
Із самого початку стикнувся із численними зовнішніми загрозами. Продовжувалося протистояння з Карлом II Анжуйським, папами римськими. Водночас спалахнув конфлікт з Хайме II Майоркським за Майорканське королівство. З огляду на складне становище, Хайме II у 1295 році укладає угоду з папоюБоніфацієм VIII. Король Арагону відмовився від Сицилійського королівства на користь Карла II Анжуйського та Майорканського королівства на користь Хайме II Майоркського. Навзаєм отримував велику суму коштів і гіпотетичні права на поки ще не підкорене Сардинське королівство. Втім Хайме II Арагонський зобов'язався допомогти Карлу II Анжуйського проти свого брата Фредеріка Арагонського, який не визнав цю угоду й оголосив себе володарем Сицилії. Спочатку дії Хайме II проти брата були успішними. За це він у 1297 році отримав від папи римського право на Сардинію та Корсику. Після цього у 1299 році Хайме II повернувся до Арагону, але залишив собі Монпельє та графство Русильйон.
Сприяв розвитку в країні науки та освіти, відкрив у 1300 році університет у Лериді.
Водночас активно втручався у справи Кастилії. Він підтримував претендента на Кастильський трон Альфонса дела Серда. У 1296 розбив Фернандо IV, короля Кастилії, й захопив провінцію Мурсія. За угодою у 1304 році у Торрельясі Арагон отримував північну частину Мурсії.
У 1309 році разом з Фердинандо IV Кастильським взяв участь у війні проти Гранадського емірату, втім їхні війська не зуміли захопити Гранаду. Водночас каталонський флот зумів захопити і пограбувати Сеуту.
У 1311 році намагався втрутитися у справи Майорки після смерті дядька Хайме II. Проте папі римському вдалося у 1315 році замирити Хайме II Арагонського з його двоюрідним братом Санчо I Майоркським. Останній зобов'язувався допомогти Арагону у майбутньому завоюванні Сардинії та Корсики.
У 1314 році приєднує до Арагону графства Урхель та Пальярс-Собіра.
Під час справи тамплієрів підтримував Папський престол. Втім, небажаючи надмірного посилення у своїй країні ордену госпітальєрів зі згоди папи римського Івана XXII з володінь тамплієрів заснував у 1317 році Орден Монтеси, членами якого стали колишні тамплієри.
У 1323—1324 роках воював із Пізанською республікою за Сардинію та Корсику, утворивши Садинії підвладне собі королівство. Після цього заснував торговельні факторії на Сардинії, Кіпрі, у Константинополі, встановив торговельні стосунки з султанами Єгипту.