Токсичний мегаколон складно лікувати консервативно, тому лікування зазвичай проводять хірургічним шляхом. Мета - полегшити роботу кишечника, в першу чергу шляхом встановлення ілеостоми. В якості альтернативи може бути використаний оперативний свищ (з'єднання) поперечної ободової кишки з сигмоподібною . Радикальне оперативне втручання ( проктоколектомія з ілеоанальним анастомозом) є методом вибору, зокрема, при виразковому коліті.
Гістологія
Через автореактивну відповідь на гранулоцити, на слизовій і підслизовій оболонках утворюються множинні виразки. Це насамперед призводить до некрозу стінки кишечника, що може також спричиняти розширення та перфорації товстої кишки.