«Студент в тюремній камері» Автопортрет Бориса Смирнова, написаний ним в 1904 році в Іркутську графіка — папір, олівець Нині малюнок знаходиться в Новосибірському краєзнавчому музеї
1903 року молодий художник через серйозне захворювання (яке саме — в джерелах не повідомляється) вимушений був залишити Академію. Як невелику «компенсацію», отримав свідоцтво про те, що має право бути викладачем малювання в середніх навчальних закладах. В 1904 році був художником у науковій експедиції по Середній Азії — опублікував потім книгу дорожніх нарисів (з малюнками автора). Деякий час жив у Середній Азії і на Далекому Сході — в тому числі в Іркутську і Красноярську.
Україна і Москва
1905 року Смирнов за станом здоров'я (сухоти) переїхав на південь, в Україну, до Катеринослава (нині — Дніпро), де викладав у вчительському інституті. Брав участь в організації художнього музею в місті.
У подальші роки часто подорожував півднем України, писав численні пейзажі і портрети: «Фонтан в Судаку», «Вигляд з вершини Ай-Петрі», «В Павлограді», «Дорога в степу», «Портрет дитячої письменниці Е.А. Смирнової», «Автопортрет», «Сонячний день на Дніпрі», «В саду в Києві», «Ярмарок в Україні», «Підпасок», «Будинок в Катеринославі» та інші. Побував у науковій експедиції по Середній Азії як художник, опублікувавши 1914 року книгу дорожніх нарисів (з малюнками автора).
1911 року Смирнов був делегатом Першого всеросійського з'їзду художників, де прочитав доповідь з питань художньої освіти (доповідь опублікована в першому томі праць з'їзду). Після Жовтневої революції, з 1918 по 1920 рік, багато працював над написанням великих картин агітаційного змісту, якими прикрашали Катеринослав в дні революційних торжеств. З 1918 року — брав участь в художніх виставках.
1921 року почався новий етап в творчості художника. Він переїхав до Москви, активно працював в Об'єднанні художників реалістів, викладав живопис в Московському художньому інституті та інших художніх навчальних закладах. В цей період Смирнов малював в жанрі соцреалізму — це картини «Робітники в санаторії», «В робочій читальні», «Збір урожаю», «Переможець гір», «Гребля Дніпрогесу», хоча, як і раніше, багато уваги приділяв пейзажу («Озеро Валдайське», «Теплом повіяло», «Ранній сніг», «Осінь в горах»).
Пізніше Смирнов створив серію графічних портретів радянських художників (в 1926—1930 роках), нові пейзажі Криму, Підмосков'я, Башкирії (30-ті роки), серію пейзажів для шкіл (1940), серію літографій «По шевченківським місцям» (1946).
Борис Смирнов був порівняно продуктивним художником. За 55 років творчості намалював сотні картин — переважно портрети та пейзажі. Працював в різних техніках — акварель, графіка, малював олією. Нині його роботи зберігаються в понад 40 музеях Росії і кількох — в Україні.
Також Смирнов створив 50 ілюстрацій до «Повного збірника творів Т. Шевченка» (Катеринослав, 1914), до його балади «Причинна» і поезії «Думи мої, думи...» (1945), альбому «На Вкраїні милій» (1945 — 1947); численні пастелі: «На березі Дніпра» (1917), «Світанок на річці» (1937), «Рання весна» (1948); акварелі: «Похорон Т. Шевченка на Чернечій горі б. Канева» (1944), «Плотарі співають», «Реве та стогне Дніпр широкий», «За читанням «Кобзаря» в хаті на могилі Т. Шевченка» (1945), «Останній шлях Т. Шевченка» (1946).
Ілюстрації Б. Смирнова до «Повного збірника творів Т. Шевченка» (1914) не сподобалися українському історику Дмитру Дорошенку (1882-1951). Про роботу художника він відгукнувся так:
Видко, він не знав добре українського побуту та й не відзначався малярським хистом, його ілюстрації, на мій погляд, лиш зіпсували видання, але Ротенберг поспішав випустити книгу до ювілейних Шевченківських днів, і довелося помиритися з нехудожніми ілюстраціями [1].
На прохання катеринославського видавця Леона Ротенберга, який видав том творів Т. Шевченка, Б. Смирнов напередодні ілюстрував "Мертві душі" М. Гоголя для подарункового видання класика (1913).