Сем Керстен починав займатися футболом в академії клубу НЕК зі свого рідного міста Неймеген. На професійному рівні футболіст дебютував 2 грудня 2016 року у матчі Другого дивізіону чемпіонату Нідерландів у складі клубу «Ден Босх».[1] За клуб захисник провів три сезони.
Влітку 2019 року Керстен перейшов до «Зволле». 25 серпня у поєдинку проти роттердамської «Спарти» Керстен провів свою першу гру в елітному дивізіоні чемпіонату країни.[2] За результатами сезону 2021/22 «Зволле» вилетів до Другого дивізіону і Керстен своєю грою допоміг команді з першої спроби повернутися до еліти.
У 2024 році Керстен як вільний агент перейшов до клубу «Геренвен», з яким підписав трирічний контракт.[3]
