Себастіан Себулонсен є вихованцем клубу «Сола», у складі якого він і дебютував на дорослому рівні у Другому дивізіоні чемпіонату Норвегії. На початку 2020 року футболіст підписав дворічний контракт з клубом Елітсерії«Вікінг».[1] Влітку 2020 року Себулонсен зіграв першу гру у вищому дивізіоні Норвегії.[2] 2021 рік футболіст провів в оренді у клубі «Мйондален».[3]
Влітку 2022 року Себулонсен підписав чотирічний контракт з данським клубом «Брондбю».[4] Восени того року захисник узяв участь у Ліги конференцій.[5]