Клуб створений 1992 року під назвою «Будівельник». У перший рік існування клуб став переможцем районного чемпіонату СТ «Колос», і здобув право виступати у першості області серед команд другої ліги. У першому сезоні на обласному рівні команда посіла 4-те місце, а вже у наступному, з великим відривом від суперників — перше. У сезоні 1995/1996 років клуб дебютував у першій лізі чемпіонату області і відразу став чемпіоном у командному заліку, перемігши за підсумками двох матчів бродівський «Богун». Пустомитівські футболісти вдало виступили і в кубку області, дійшовши до фіналу, де поступились команді «Променю» з Волі Баранецької 1:1 і 1:0. У першості 1996/1997 років команда знову дійшла до фіналу кубка і знову поступилась, цього разу жидачівському «Авангарду». Обидва фінальні поєдинки не визначили переможця і закінчилися з рахунком 1:1, але у серії післяматчевих пенальті «Авангард» виявився сильнішим — 6:5. У цьому ж сезоні клуб стартував на всеукраїнській арені у Кубку України серед аматорських команд, де одразу ж в 1/8 фіналу зазнав двох поразок від теребовлянської «Ниви» — 3:4 на виїзді та 1:2 вдома. У кожному з цих двох матчів по голу провів 17-річний Дмитро Семочко — майбутній гравець, зокрема «Карпат», дніпропетровського «Дніпра» і «Металіста».
2000-ні роки
«Пустомити» (у картатій формі) під час домашньої гри проти «Газовика» (Комарно) в чемпіонаті області 2009
На початку 2000-х років у Пустомитах спонсори намагалися вивести клуб на новий, напівпрофесіональний рівень. У 2004 році команду перейменовано на «Пустомити», до клубу почали залучати молодих вихованців футбольних шкіл Львова та Пустомитівського району і запрошувати відомих ветеранів. Міжсезонні збори взимку (чемпіонат області проводять за системою «весна-осінь») для гравців почали відбуватися також закордоном.
Улітку 2005 року кілька ігор у Пустомитах провів захисник Юрій Беньо, який на початку року під керівництвом Олега Лужного виступав за латвійську «Венту», а з осені почав захищати кольори київського «Арсеналу».
Протягом 2005—2008 років головним тренером «Пустомит» був Василь Леськів — ветеран львівських «Карпат» і ФК «Львів». Відомий у минулому півзахисник у сезонах 2005—2007 навіть виходив на заміни, тобто був тренером-гравцем.
У 2008 році клуб увійшов до новоутвореної прем'єр-ліги чемпіонату Львівської області, куди потрапило 6 найсильніших клубів Львівщини. Проте команда залишалася серед аутсайдерів, 2008 року посівши передостаннє 5-е місце, а 2009 року — 8-ме місце серед 10 команд.
2010 — фарм-клуб «Карпат»
Сезон 2010 через брак коштів став досить скрутним для ФК «Пустомити». Улітку під час перерви між 1 та 2 колом чемпіонату Львівщини «Карпати» (Львів) взяли на себе фінансові зобов'язання пустомитівського клубу, отримавши натомість можливість у повному складі заявити на 2-ге коло свою юнацьку команду та тренерський штаб — колишні «Карпати-2», що не заявилися на сезон 2010/11 у другу лігу. Основу команди склали футболісти школи «Карпат» і ЛУФК 1992—1994 років народження, тренували колектив Володимир Вільчинський і Любомир Вовчук. Усі футболісти «Пустомит», які виступали за клуб у першій половині сезону 2010, перейшли до інших команд[3].
2011 — понині
На сезон 2011 клуб не заявився на обласні змагання і виступав у чемпіонаті Пустомитівського району 2011 під назвою ФК «Пустомити».
