Народився в Калініні (нині Твер) у родині партійного працівника, латиш за національністю. Російською мовою розмовляв краще, ніж латиською. Його батько — Карл Янович Пуго — був учасником революції та Громадянської війни, підпільником, «латиським стрільцем», потім секретарем Ризького міськкому партії. У 1940—1941 роках родина Пуго проживала в Ризі. На початку німецько-радянської війни родина була евакуйована до міста Кірова (РРФСР), де перебувала до 1943 року. З 1943 по 1948 рік Пуго жили в Москві, а в 1948 році переїхали до Риги. Борис Пуго у 1951 році вступив до комсомолу. Закінчив із медаллю середню школу в Ризі.
У 1960—1961 роках — інженер спеціального конструкторського бюро Ризького електромашинобудівного заводу. У 1961 році обраний секретарем комітету комсомолу Ризького електромашинобудівного заводу.
У 1961—1963 роках — 2-й секретар, 1-й секретар Пролетарського районного комітету ЛКСМ Латвії (комсомолу) міста Риги.
У 1963—1968 роках — відповідальний організатор, завідувач сектору відділу комсомольських органів по союзних республіках ЦК ВЛКСМ у Москві.
У 1968—1969 роках — завідувач організаційного відділу Ризького міського комітету КП Латвії.
У квітні 1969 — 1970 року — 1-й секретар ЦК ЛКСМ Латвії.
У березні 1970 — квітні 1974 року — секретар ЦК ВЛКСМ.
У 1974 році — інспектор ЦК КПРС у Москві.
У 1974—1975 роках — завідувач відділу організаційно-партійної роботи ЦК КП Латвії.
У 1975—1976 роках — 1-й секретар Ризького міського комітету КП Латвії.
З 1976 року — завідувач відділу, в 1977—1980 роках — перший заступник голови КДБ Латвійської РСР.
У листопаді 1980 — квітні 1984 року — голова Комітету державної безпеки Латвійської РСР із присвоєнням військового звання генерал-майор.
14 квітня 1984 — 4 жовтня 1988 року — 1-й секретар ЦК КП Латвії.
30 вересня 1988 — 11 липня 1990 року — голова Комітету партійного контролю при ЦК КПРС і кандидат у члени Політбюро ЦК КПРС з 20 вересня 1989 р. по 14 липня 1990 року. Єдиний із семи латишів, що входили у Політбюро, що не мав дореволюційного стажу в партії.
14 липня 1990 — 23 квітня 1991 року — голова Центральної контрольної комісії КПРС.
З 1 грудня 1990 по 22 серпня 1991 року — міністр внутрішніх справ СРСР (змінив на цій посаді Вадима Бакатіна, якого Горбачов відправив у відставку).
4 лютого 1991 року Борису Пуго було присвоєно військове звання генерал-полковника внутрішньої служби.
З березня по серпень 1991 року — член Ради безпеки СРСР.
ДКНС і самогубство
1991 року Борис Пуго став членом ДКНС й одним з організаторів «серпневого путчу». Безпосередньо перед путчем, у серпні 1991 року, він відпочивав з родиною у Криму. Повернувся до Москви 18 серпня. У Москві йому зателефонував голова КДБ СРСРВолодимир Крючков і запросив у Кремль, де був утворений ДКНС.
Після провалу путчу Прокуратурою СРСР щодо Б. К. Пуго було порушено кримінальну справу за участь в антиконституційній змові.
22 серпня на арешт Пуго виїхали голова КДБ РРФСР Віктор Іваненко, перший заступник міністра внутрішніх справ Віктор Єрін, заступник прокурора Лісін і Григорій Явлінський. Через два дні Явлінський дав інтерв'ю газеті «Московський комсомолець», де розповів про події[3]. За його словами, вони, не чекаючи групи захоплення, «почали діяти». Як сказав Явлінський, двері їм відчинив тесть Пуго, сам Пуго і його дружина були ще живі («його голова відкинулася на подушку, і він дихав», «вона виглядала не при тямі. Всі її рухи були абсолютно некоординовані, мова — незв'язною»). Явлінський особливо підкреслив, що дві обставини здалися йому дивними:
Пістолет акуратно лежав на тумбочці, куди покласти його самому Пуго було важко.
Він зауважив три стріляні гільзи.
Журналіст «Московського комсомольця» в кінці статті додав: «Через кілька годин після моєї розмови з Григорієм Явлінським надійшла нова інформація. У результаті слідства стало відомо, що останньою стріляла дружина. Вона ж поклала пістолет на тумбочку»[3].
Проте син Пуго — Вадим Пуго (відповідно до публікації в газеті «День», № 30, 1993 року) говорив, що пістолет поклав на тумбочку 90-річний тесть: «… Вони, по всій видимості, лягли на ліжко. Батько приставив пістолет до скроні матері і вистрілив, після цього вистрілив у себе, а пістолет залишився затиснутим у нього в руці. Дід почув постріл, хоча він погано чує, і зайшов у спальню … Мати не вмерла — вона скотилася з ліжка і навіть намагалася піднятися на нього. Дід взяв у батька пістолет і поклав його на тумбочку. І місяць про це нікому не говорив — боявся. Незрозуміло йому було: говорити — не говорити. І сказав він про пістолет через місяць, коли почалися допити…».[4]
Дружина міністра, Валентина Іванівна Пуго, кандидат технічних наук, доцент Московського енергетичного інституту, померла у лікарні через добу, так і не прийшовши до тями.
Тексти записок (за заявою «Нової газети»), знайдених при огляді квартири Пуго Б. К. 22.08.91 [1]:
«Зробив абсолютно несподівану для себе помилку, рівноцінну злочину. Так, це помилка, а не переконання. Знаю тепер, що помилився у людях, яким дуже довіряв. Страшно, якщо цей сплеск нерозумності відіб'ється на долях чесних, але що опинилися у дуже скрутному становищі людей. Єдине виправдання того, що сталося, могло бути в тому, що наші люди згуртувалися б, щоб пішла конфронтація. Тільки так і повинно бути. Милі Вадик, Еліно, Інно, мамо, Володю, Ґето, Раю, вибачте мені. Все це помилка! Жив я чесно — все життя „(записка Бориса Пуго).
“ Дорогі мої! Жити більше не можу. Не судіть нас. Подбайте про діда. Мама» (записка Валентини Пуго).