Довжина перешийка — 30 км. Ширина — 7 км у найвужчому місці, 9,2 км у південній частині. Перекопський перешийок — частина Північно-Кримської рівнини. Рельєф — плаский, висота до 24 метрів над рівнем моря. Складається з лесовидних суглинків і глин. Є багато озер (див. Перекопські озера). Переважає степова й напівпустельна рослинність. У низовинних ділянках — солончаки.
У давнину Перекопський перешийок мав інші назви: Страбон називав його Істм (у перекладі просто «перешийок»), генуезці — Зухало, кримськотатарською мовою ця місцевість називається Ор. На його території розташована могутня фортифікаційна споруда минулого — Перекопський рів.