У сезоні 1962 року команда зайняла 6-е місце в чемпіонаті СРСР, але розвинути цей успіх не вдалося, а в наступному сезоні клуб залишив найвищий дивізіон. У 1964 році «Пахтакор» під керівництвом Олександра Абрамова зміг повернутися до Вищої ліги.
У 1971 році «Пахтакор» знову вилетів у Першу лігу, а в наступному сезоні повернувся у Вищу лігу, вигравши турнір Першої ліги.[джерело?]
Наприкінці 1970-х років у «Пахтакора» підібралася перспективна команда, але в 1979 році трапилася трагедія: на шляху до Мінська на гру проти місцевої команди в небі поблизу Дніпродзержинська літак з гравцями «Пахтакора» зіштовхнувся з іншим літаком. Через цю трагедію в 1979 році і кількох наступних чемпіонатах клуб «Пахтакор» був посилений добровольцями з інших клубів. Крім того, до регламенту чемпіонату СРСР з футболу була внесена стаття, за якою протягом 3 років, незалежно від результатів, «Пахтакор» зберігав місце у Вищій лізі радянського футболу. Було зібрано нову команду. Зокрема, до неї прийшов нападник Андрій Якубик, який у сезоні 1982 став найкращим бомбардиром Вищої ліги та допоміг команді зайняти 6-те місце. У 1984 році команда вилетіла до Першої ліги і надалі формувалася з гравців дублюючого чи навіть юніорського складу й не претендувала на повернення до найвищого дивізіону, що породило іронічний вираз того часу — «Пахтакор-чемпіон»[джерело?]. Утім, у 1991 році команда таки вийшла до Вищої ліги, але це був останній розіграш чемпіонату СРСР.
«Пахтакор» був єдиним узбецьким клубом в історії Вищої ліги СРСР. Він провів там 22 сезони, маючи 212 перемог, 211 нічиїх та 299 поразок. Його найкращим результатом у лізі було 6-те місце, якого клуб досягав двічі: у 1962 та 1982 роках. А в 1968 році команда, єдина з команд Середньої Азії, виходила у фінал Кубку СРСР. У тому матчі в складі «Пахтакора» грали:
З 1992 року «Пахтакор» — неодмінний учасник вищої ліги чемпіонату Узбекистану.
Новітній період
Після розпаду СРСР настав новий період в історії клубу. У 1992 році «Пахтакор» взяв участь у першому розіграші Вищої ліги чемпіонату Узбекистану. Від 1992 року «Пахтакор» став найуспішнішим футбольним клубом у країні з 14-ма перемогами в національному чемпіонаті та 13-ма в Кубку Узбекистану. До 2014 року клуб «Пахтакор» був єдиною командою, яка брала участь у всіх сезонах Ліги чемпіонів АФК, починаючи від заснування турніру в 2002 році. З 2002 року клуб 17 разів виступав у Лізі чемпіонів АФК.
Невдалим був виступ клубу в Лізі чемпіонів АФК сезону 2011 року. 4 травня 2011 року «Пахтакор» поступився «Аль-Насру» та припинив виступи в цьому Азійському турнірі. У цьому матчі, через велику кількість травмованих футболістів, головний тренер «Пахтакору» Равшан Хайдаров змушений був включити до складу команди на цей матч молодих гравців, через що клуб встановив рекорд Ліги чемпіонів АФК як наймолодша команда-учасниця турніру (середній вік гравців команди на день проведення матчу становив 21,8 року). Середній вік футболістів команди на сезон 2011 року буановив в 23,3 роки[5].
Кубок Індійської Футбольної Асоціації (IFA Shield)
Володар (1): 1993
Узбецьке El Clasico
Матчі між «Пахтакором» та «Нефтчі» (Фергана) проводяться з 1992 року. Перший матч між цими двома клубами відбувся 25 травня 1992 року в Ташкенті.
Середньоазійське дербі
Суперництво алматинського «Кайрата» і ташкентського «Пахтакора» в чемпіонатах СРСР — середньоазійське дербі — було основною спортивною подією року, його в обов'язковому порядку відвідувало найвище керівництво республік.
У чемпіонатах і кубках СРСР з футболу команди зустрічалися між собою 50 разів: 18 перемог «Пахтакора», 21 «Кайрата», 11 нічиїх.
Центральний стадіон «Пахтакор» в Ташкенті було збудовано в 1956 році з місткістю 55 000 уболівальників. У 1996 році відбулася реконструкція стадіону. У 2007 році менеджмент клубу оголосив про чергову реконструкцію стадіону. Роботи по реконструкції були завершені в 2009 році, місткість стадіону зменшилася до 35 000, а місця на стадіоні залишилися виключно сидячі. У січні 2010 року стадіон було обрано найкращою спортивною спорудою Узбекистану 2009 року[6][7].
У масовій культурі
Відомі узбецькі виконавці Шахзода, Рустам Гаїпов, групи «Парвоз» (екс), «Квартет», «Боялар» та «Уммон» присвятили свої пісні ФК «Пахтакор»[8][9].
.svg){kind=small}
