Першим клубом у кар'єрі гравця став алма-атинський СКІФ, у складі якого Ніколаєнко дебютував у 1984 році в другій союзній лізі. Відігравши за команду два сезони, футболіст був призваний до армії. Після демобілізації став гравцем ульянівського «Старту», де провів сезон 1988 року. Потім перейшов до йошкар-олінської «Дружби», за яку виступав упродовж трьох років. У 1991 році став гравцем таганрозького «Торпедо», продовжив виступати за команду після розпаду СРСР. Сезон 1993 року розпочав у «Металургу» з Красного Сулина, а влітку того ж року перейшов у білоруський «Ведрич», який виступав у місцевій Першій лізі.
У вищому дивізіоні білоруського футболу дебютував 5 вересня 1993 року, вийшовши у стартовому складі у матчі проти вітебського КІМу[1]. Загалом за клуб із Речиці відіграв 8 матчів, після чого закінчив виступи на професійному рівні.
У сезоні 1994/95 провів 4 матчі у складі міні-футбольного клубу «Надія» із Запоріжжя,
чим допоміг команді здобути бронзові нагороди чемпіонату України
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
