Магнус Кнудсен є вихованцем клубу «Ліллестрем». У серпні 2019 року Кнудсен дебютував на професійному рівні.[1] За результатами того сезону клуб вилетів з Тіппеліги, та Кнудсен залишився в команді. І за рік разом з клубом повернувся до елітного дивізіону.
На початку 2021 року для набору ігрової практики Магнус Кнудсен вирушив в оренду у клуб Другого дивізіону «Улл/Кіса».[2] Повернувся влітку і дограв сезон у «Ліллестремі». А у січні 2022 року футболіст підписав контракт з російським «Ростовом».[3] Контракт на 4,5 роки обійшовся росіянам у 1 млн євро.
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 23 грудня 2021. Процитовано 22 січня 2022.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)