Карл Теодор Баварський (нім.Carl Theodor in Bayern; 9 серпня1839, Поссенхофен, Верхня Баварія — 30 листопада1909, Кройт, Баварія) — герцог Баварський, представник бічної гілки правлячої династії Віттельсбахів.
Навчався в Мюнхенському університеті, де вивчав філософію, право, економіку і медицину. Серед його вчителів були фізик Філіпп Жоллі, патолог Людвіг фон Буль і хімік Юстус фон Лібіх. У 1872 році він отримав від університету звання почесного доктора медицини. Потім Карл Теодор продовжив свою освіту, вивчаючи офтальмологію у Відні та Цюриху. Засмучений смертю своєї дружини і війнами, він, попри невдоволення своєї сім'ї, покинув армію і став доктором, а через деякий час і успішним окулістом.
У 1874 році Карл Теодор вступив у другий шлюб з Марією Жозе, інфантою Португальської (1857—1943), дочкою поваленого короля Мігеля. У цьому шлюбі народилися п'ятеро спільних дітейː
Софія Адельгейда (1875—1957) — дружина графа Тьоррінг-Єттенбах Ганса Файта, мала трьох дітей;
Єлизавета (1876—1965) — дружина короля Бельгії Альберта I, мала трьох дітей;
Людвіг Вільгельм (1884—1968) — був одруженим із Анною Люсією цу Сайн-Вітгенштейн-Берлебург, власних дітей не мав, всиновив внучатого племінника;
Франц Йозеф (1888—1912) — одруженим не був, мав позашлюбного сина.
У 1877 році він почав лікарську практику. У 1880 році відкрив очну клініку в своєму палаці, а в 1895 році — в Мюнхені. Його дружина часто допомагала йому як асистентка.
Карл Теодор помер 30 листопада 1909 року в Кройті, Баварія.