Найбільші площі в заказнику займають болота, серед яких поширені відкриті осокові з осоками омською (Сагех omskiana) та ситничковидною (С. juncella). Високотравних боліт мало, невеликі площі займають чагарникові болота з вербою попелястою (Salix cinerea) з домішками інших верб — розмаринолистої (S. rosmarinifolia), чорніючої (S. myrsinifolia) та рідкісних видів верб — верби Старке (S. starkeand) та верби чорничної (S. myrtilloides), занесених до Червоної книги України. Великі популяції в заказнику утворює береза низька (Betula humilis), занесена до Червоної книги України. Вона має тут тенденцію до поширення переважно в центральній частині заказника.
Луки заказника різноманітні, серед них поширеніші заболочені та торф'янисті, менші площі займають справжні. На лучних ділянках виявлено низку лучно-болотних видів орхідних. Це пальчатокорінники: м'ясочервоний (Dactylorhiza incarnata) та плямистий (D. maculata), а також рідкісніший вид — придніпровський ендемік — зозулинець жилкуватий (Orchis nervulosa). Серед інших видів заслуговує на увагу зростання тут валеріани високої (Valeriana exaltata), синюхи блакитної (Polemonium caeruleum), півників сибірських (Iris sibirica). Розсіяно по масиву трапляється реліктовий вид — вужачка звичайна (Ophioglossum vulgatum). На ділянках лук, які частково заліснені, відмічена любка дволиста (Platanthera bifolia), занесена до Червоної книги України, а також малопоширений вид дзвоники оленячі (Campanula cervicaria).
Територія заказника відбиває основні риси Замглайського болотного масиву. Тут зростає 7 вищезгаданих видів із Червоної книги України, а також низка реліктових та малопоширених у регіоні видів. Заказник є регулятором гідрологічного режиму прилеглих територій. Тут трапляються лелека чорний, журавель сірий, чернь білоока та змієїд, занесені до Червоної книги України.