Yaklaşık 1130 yılından itibaren İoannis ve İmparator II. İoannis'in kardeşi olan babası, imparartoru tahttan indirmek için komplo kurmaya başladılar.[1] Birçok plan ve Küçük Asya'nın parçalarını elinde tutan Danişmend liderleri ile diğer Türklerle ittifaklar yaptılar. 1138 yılında, İoannis ve babası İmparator ile uzlaşıp, tam bir af aldılar.[1]
İoannis Komninos'un ismindeki Çelepis (Τζελέπης) kelimesi soylu doğan ya da "efendi davranan" anlamlarına gelen Türkçe onursal Çelebi unvanının Yunanca söylenişidir.
Osmanlı sultanlarının, bilhassa II. Mehmed'in, İoannis Komninos'un soyundan geldiği iddia edilir.[1]